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疾病的发生往往跟生物学通路的局部异常有关，因而鉴别通路的具体异常途径可以更好的解释疾病发生原因及发展过程。本研究开发了一种基于连续结构的子通路挖掘策略，定义KEGG通路内具有相同起始节点和相同终止节点的所有线性路径的集合为子通路，也即独立完成某一功能的一系列级联反应集。将KEGG通路分为若干个独立完成某一生物学功能的子通路，也即从复杂的生物调控网络中抽取出条理清晰的子网，研究者可以通过子通路很容易的找出感兴趣基因上游所受的调控以及它下游所调控的过程。以乳腺癌表达谱数据为例证分析，表明子通路可以更详尽地解释芯片数据生物学功能，不仅找到了各类癌症在通路中的共性部分。同时还详细地体现了生物学反应中调控的连续性以及通路的结构信息。这些结果说明这种基于结构信息的子通路策略分析疾病发生机制更具体、更全面。而且基于子通路策略平台利用药物刺激的表达谱数据还可以将应用扩展到药物答应通路以及药物毒性通路的挖掘，为药物作用机制和药物毒性机制研究提供新的途。