基于5hmC的表观遗传测序与MRI在乳腺癌诊断、疗效评估中的应用初探

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乳腺癌是成年女性最为常见的一种恶性肿瘤,近年来随着生活环境的变化,国内乳腺癌的发病率一直呈现出上升的趋势,发病年龄也逐渐趋于年轻化,中国女性的身心健康受到了极大的影响。乳腺癌是一种高度异质性的疾病,有多种分子亚型,各亚型间的生物学行为、临床特征和对抗肿瘤药物的敏感性均存在明显的差异。乳腺癌患者的生存率与诊断时肿瘤的临床分期及治疗密切相关,因此,早期诊断、准确分子分型及治疗方案的适时调整,对提高乳腺癌的总体预后及改善患者的生存质量具有重要意义。目的:目前,用于乳腺癌早期诊断与疗效预测的检查方法的准确性与敏感度有限,本研究一方面是利用表观遗传学方法研究乳腺癌患者基因组5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hm C)的分布与特征,探索5hm C生物标志物在乳腺癌的诊断、分子亚型预测中的初步应用;另一方面是通过乳腺影像报告术语及磁共振成像(magnetic resonance imaging,MRI)的测量指标,研究MRI在乳腺癌分子分型及疗效评估中的应用价值。材料与方法:第一部分:收集2017年10月1日至2018年11月30日期间就诊于解放军307医院的52位乳腺癌患者治疗前的血样与临床资料。采用5-羟甲基封闭(5hm C-Seal)技术结合二代高通量测序检测血浆中富含5hm C的循环游离DNA(circulating free DNA,cf DNA),使用DEseq2等软件筛选出乳腺癌组与对照组、各分子亚型乳腺癌间cf DNA上5hm C分布差异最为显著的Top100基因,探索5hm C生物标志物在乳腺癌诊断与分子亚型分析中的应用价值。第二部分:回顾性收集2016年1月1日至2017年12月28日就诊于我院的175例乳腺癌患者的乳腺MRI图像与临床资料,根据雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)、孕激素受体(Progesterone Receptor,PR)、人类表皮生长因子受体-2(Human Epidermal growth factor Receptor 2,HER-2)及Ki-67的表达水平确定乳腺癌的分子亚型,采用卡方检验、Fisher确切概率法及交叉列联表等统计方法,分析影像征象与分子亚型间的关系。第三部分:收集并分析2017年10月1日至2018年11月30日期间,我院收治的40例乳腺癌患者治疗前及治疗4周期的MRI图像与临床资料,采用RECIST1.1客观评定标准及Miller&Payne诊断标准评价肿瘤,以术后病理结果为依据,将入组乳腺癌分为完全反应组与未完全反应组,经Kolmogorov-Smirnov3检验、方差齐性检验及t检验等分析方法,分析两组乳腺癌患者化疗前、后MRI图像上的肿瘤大小、表观扩散系数(Apparent Diffusion Coefficient,ADC)值及早期强化率的变化差异。结果:第一部分:对健康对照组与乳腺癌组cf DNA上5hm C的分布进行分析时,发现乳腺癌组cf DNA的5hm C基本都保持了在基因转录起始位点分布较少的分布特性,对照组与乳腺癌组5hm C差异峰主要分布在基因组的基因间区和内含子区。以P<0.05且Foldchange>2为标准,筛选出的Top100基因(50个5hm C显著上调基因和50个5hm C显著下调基因),可以明显将两组群体区分开。用14例乳腺癌与13健康对照作为验证组,对这100个基因进行验证,获得的受试者工作特征(Receiver Operating Characteristic,ROC)曲线下面积为0.956。在不同分子亚型乳腺癌间,使用同样的方法,筛选出的Top100基因可以对5种分子亚型中的任意两组进行基本的区分。第二部分:本研究共纳入Luminal A型乳腺癌55例(31.4%),Luminal B型71例(40.6%),HER-2阳性型25例(14.3%),三阴型24例(13.7%)。HER-2过表达型乳腺癌多伴有淋巴结转移,其他亚型淋巴结转移少,淋巴结转移与分子亚型低度相关(C=0.218,P<0.05)。三阴型乳腺癌以边缘强化为主,其他亚型以不均质强化为主,肿块内部强化方式与分子亚型低度相关(C=0.354,P<0.05)。其他的影像征象与分子亚型间无相关性。第三部分:术后病理示完全反应者13例,未完全反应者27例。化疗后肿瘤体积不同的程度缩小、ADC值增加、早期强化率降低,肿瘤收缩率约36.69%,ADC值增加0.36×10-3 mm2/s,早期强化率降低98.43%。完全反应组的肿瘤收缩率、病灶的ADC值增加均高于未完全反应组,完全反应组肿瘤的早期强化率降低比未完全反应组降低明显,组间差异有统计学意义(P<0.05)。结论:5hm C在乳腺癌的诊断与分子亚型区分两个方向均表现出良好的生物标志物特性,是一种潜在的乳腺癌诊断与分型的生物学指标。乳腺癌的一些MRI描述征象与测量指标可在一定程度上预示分子亚型和最终的化疗效果。因此,对5hm C与MRI征象的进一步研究可为肿瘤患者的临床治疗提供指导。
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