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长鳍吻鮈(Rhinogobio ventralis Sauvage et Dabry)，隶属鲤科、鮈亚科、吻鮈属，主要分布于长江上游干流、乌江下游以及岷江、沱江、嘉陵江等水系，是一种具有重要经济价值的长江上游特有鱼类。上世纪90年代以来，过度捕捞、水域污染、生境破坏、水利工程建设等人类活动，使得长鳍吻鮈的种群数量显著减少，长江上游梯级开发中规划或正在兴建的多座大型水利工程，小南海水电站，乌江银盘、彭水水电站等，其叠加的累积效应可能会对河流生态系统的水域环境产生较大改变，对长江上游特有鱼类的物种生存产生重大影响。特别对于长鳍吻鮈这类适应流水生活、产漂流性卵的鱼类，急流生境的破坏导致产卵场的丧失，对其生存和繁殖将产生更为严重的影响。为了更有效的保护和合理利用鱼类资源，利用DNA分子标记对长鳍吻鮈进行群体遗传学研究，摸清其种群遗传结构和遗传多样性水平，对于其物种生存有着重要现实意义。
本研究用磁珠富集法构建了长鳍吻鮈(AAAG)n富集文库，得到172个阳性克隆，获得61个微卫星序列，根据这些序列并设计出31对引物，25对引物在长鳍吻鮈个体中成功扩增，其中12个微卫星位点呈现多态性。
以重庆江段的40尾长鳍吻鮈群体为研究对象，利用分离出的微卫星位点对其进行了遗传多样性初步研究。在12个多态性微卫星位点中，每个位点得到到2～11个等位基因，平均等位基因数为6.3；观测杂合度在0.15～0.88之间，平均观测杂合度为0.58;期望杂合度在0.18～0.85之间，平均期望杂合度为0.68;9个位点为高度多态性位点(PIC＞0.5)，2个位点为中度多态性位点(0.25＜PIC＜0.5)，1个位点为低度多态性位点(PIC＜0.25)。研究数据表明微卫星位点在重庆江段长鳍吻鮈群体中呈现出较高的多态性，该群体具有较高的遗传多样性，这些多态性微卫星位点将为长鳍吻鮈及其近缘种的群体遗传学研究奠定良好的基础。