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财政审计是政府审计的永恒主题，也是宪法和审计法规定的基本职责。经过25年的发展，财政审计在推动政府预算管理制度改革，完善财政管理体制，促进公共财政体系的建立健全，维护财经秩序，提高财政资金使用效益，保障国家财政安全，防范财政风险，提高基层政府公共服务能力等方面发挥了重要作用，已逐渐嵌入财政管理体系，成为加强政府财政管理的关键环节。
在向社会主义市场经济体制转轨的过程中，在逐步构建公共财政体制框架的背景下，我国先后推行和改进了分税制财政体制改革、部门预算、国库集中收付制度、政府采购制度、收支两条线等多项财政预算制度改革，财政制度改革不断深入。新制度经济学把由计划经济向市场经济的过渡理解为一个渐进的制度变迁的过程，并在分析制度变迁过程时强调组织和制度的互动关系。从制度变迁的角度观察，财政预算制度的改革并不是自发产生的，改革的动力既有财政部门内部民主程度的提高和法制的完善，也有财政审计的外部推动。在有些情况下，财政审计的推动甚至发挥了不可替代的作用。如以部门预算改革为核心的财政支出制度改革，经过审计部门的多次推动，最终由全国人大和国务院批准实施。而财政转移支付制度的完善，也是在审计署连续多年的关注中逐渐实现。
回顾我国分税制财政体制改革以来的政府预算管理制度变迁的路径可以发现财政审计的作用痕迹，或者说政府预算制度变迁与财政审计发展在不同的制度安排下，交互作用、共同发展，从不同的侧面推动政府职能转变，促进完善政府治理。由于我国财政审计制度特有的发展历程和轨迹，以及我国财政制度变革的渐进性特点，国内外很少有学者能够厘清财政审计在财政预算制度变迁中的作用，从财政审计和财政制度变迁的视角对两者间的关系进行论述。本论文以财政审计为研究对象，结合我国政府预算制度的变迁实际，主要利用我国分税制财政体制改革以来的数据及数据，着力研究6个方面的问题：第一，我国政府预算制度和财政审计的变迁历程：第二，政府竞争背景下的财政收入审计；第三财政转移支付审计；第四，财政支出绩效审计；第五，财政审计的工作方式变革；第六，财政审计的组织方式创新。
为对研究主题进行充分阐述，本文从我国政府预算变迁历程和财政审计制度的发展过程等制度性背景出发，运用新制度经济学、委托代理理论、财政学等综合性的研究方法，系统地阐述财政审计在促进财政预算改革和完善过程中的定位与职能，并将财政审计作为联系政府审计和政府预算的结合点，从预算收入审计、财政转移支付审计、预算支出的绩效审计、财政审计调查、财政审计一体化等五个方面分别确定研究重点，论述了财政审计在不同时期的工作方式、工作内容和工作重点，结合财税体制改革不断深化的新形势，探讨了财政审计的未来发展趋势。
本文共分九部分，第一章是绪言，对论文整体进行了总括性的介绍，第二章是理论基础，第三章是政府预算制度变迁；第四章至第八章本文的核心内容，最后一章是研究总结。具体到每章而言，其基本内容如下：
第二章理论框架部分。主要阐述与本研究密切相关的有关政府的理论基础，分别从渐进预算理论、公共受托责任理论、委托——代理理论、新公共管理理论等几个方面，对政府预算及财政审计的基本变迁模式和未来发展从理论上进行了阐述。
第三章政府预算制度变迁部分。主要从4个方面论述。第一节论述了现代政府预算制度的产生与实质；第二节分别对西方国家的政府预算改革过程和我国政府预算制度的变迁模式进行了总结，并对我国政府预算制度的未来发展提出了基本设想；第三节详细阐述了近年来我国政府预算制度的各项改革。第四节探讨了绩效预算在我国的发展。
第四章分析了财政审计在政府预算管理中的作用，第一节论述了财政审计的内涵与职能；第二节对对我国财政审计发展历程进行了回顾；第三节探讨了财政审计在政府预算改革中发挥的作用；第四节用实证研究的方法分析了影响财政审计成果的关键要素。
第五章以影响财政收入真实性和完整性的政府间竞争作为制度背景和理论基础，对财政分权体制下的财政收入审计进行研究并以税收竞争为例，分析了地方政府间税收竞争的政策空间，探讨了在现行的经济环境下如何开展财政收入审计。
第六章是财政转移支付的审计，在借鉴国外财政转移支付制度的基础上，结合我国转移支付实践，对财政转移支付审计的标准、方法及发展进行了研究。
第七章对财政审计的未来发展趋向——财政支出绩效审计进行了研究。第一节回顾了财政支出绩效审计在西方国家的发展。第二节对我国的财政支出绩效审计进行了总结。第三节研究探讨了我国财政支出绩效审计的对象和内容。第四节提出了我国开展财政支出绩效审计的设想。
第八章论述了近几年财政审计的新形式——财政审计调查。本章从界定财政审计调查的概念入手，在总结回顾10多年来审计调查理论研究现状的基础上，以财政体制分析、财政管理制度和政策研究、预算内收支数据核实及分析、预算外和制度外收支检查与分析等四项要素为主体，结合财政制度面临的各项改革和创新，搭建了财政审计调查的业务架构，并以此为指导探讨了财政审计调查的关键环节和主要内容。
第九章系统研究了创新型的财政审计组织形式——财政一体化审计。本章认为，我国政府主导的制度变迁模式为政府审计推动公共财政制度的建立提供了制度空间。公共财政模式与政府预算相伴随而生，后者为前者的存在提供了基本形式，政府预算的改革推动了公共财政体系的建立。第一节对财政审计一体化的相关文献进行了综述。第二节探讨了财政审计一体化内涵。第三节研究了公共财政制度背景下的政府预算的特征；第四节财政审计一体化在政府预算改革中的作用：第五节提出了财政审计一体化组织方式的未来发展设想。
本文的研究也存在着一些缺陷，具体包括：首先，由于我国的财政审计体制是双重领导体制，在国际上具有特殊性，所以可供参考的国外文献数量有限；其次，由于财政审计对象涉及到国家的经济安全，有关研究资料较难取得，不能对有些结论进行实证方面的研究。最后，由于我国财政预算改革具有基层推动型的特点，现有的五级财政管理体制下，各地预算管理改革实践可能更加丰富，本研究可能遗漏了一些内容。