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在我国高等教育领域，体制改革已进入深水区，转变政府职能，加强宏观调控，构建服务型政府，理顺政府与大学的关系，成为高等教育体制改革不能回避的核心问题。面对国家、社会的迫切需要和大学自身存在的严重问题，建设现代大学制度开始从学术界的呼吁过渡到理论研究与实践探索并重的阶段。无论是国家、大学，还是社会，都面临着一个历久弥新的重大难题，即如何真正把我国大学建设成为面向社会依法自主办学的法人实体。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》明确提出了我国高等教育体制改革的方向和任务，管理制度变革这一重心基本确定，世界高等教育发展的趋势和我国高等教育改革的实践，都昭示我们吸收现代大学“制度文明”成果，推进大学制度创新的迫切要求。
高等教育研究的一个重要趋向，就是愈发意识到其对于社会经济、文化的非独立性，对高等教育发展本质规律的把握需要回溯到社会、历史、经济所共同营造的文化生态环境之中。本文基于从文化的视角透视政府与大学关系的演绎逻辑，深入剖析我国社会历史和传统文化对大学管理制度变革的深刻影响，旨在抓住“制度”这个高等教育管理改革中的根本性因素，观照文化视野下的我国大学管理制度变迁过程，提取制约我国现代大学制度建设的关键性文化特质，以期对其现实困境做出解析，并给改革方向以启示。
研究制度和文化都不能回避历史，本文把我国大学管理制度放在文化生态环境背景下分析，必然涉及到大学管理制度的变迁路径和在此过程中展现出来的错综复杂的制度文化互动关系。笔者在阅读大量相关文献资料并去粗存精以及与相关专家学者深入交流的基础上，首先依据高等教育管理体制、现代大学制度及政府与大学关系三个维度，对相关文献进行了系统的梳理和评述;其次运用历史分析法和比较分析法，粗线条地勾勒出我国政府与大学关系演变的历史沿草与现实困境，依据权威文献史料系统分析了我国大学管理制度的流变，辨析制度变革的社会历史背景及其关系，选取变革进程中的若干标志性事件做具体分析，具体展现中西文化交融下我国大学管理制度变革的动因。通过文化嬗交与制度变革的历史考察，能够使我们比较清晰地观察到制度演进的更替状态，进而梳理出现代大学制度变革的文化理路。
通过以上分析，笔者总结出我国政府与大学的关系，经历了计划体制时期政府对大学的单向控制模式和体制改革时期政府与大学关系的调整与改进两个阶段，我国政府与大学关系面临的现实困境主要是政府职能的越位、错位与缺位和如何破除落实大学办学自主权的制度障碍。文化视野中我国现代大学制度建设需要吸收西方大学制度文明的核心精神品质，即大学自治与学术自由。由此，本文得出了我国现代大学制度建设的文化症结——父权主义。具体而言，我国现代大学制度建设的文化制约因素包括两个主要方面:政教合一的传统思维消解了大学自治的空间;自由、理性精神的缺乏阻断了学术自由理念的生根。
最后，笔者尝试给出了我国现代大学制度建设困境的纾解之道:完善大学治理结构，制订体现政府、大学等多方主体契约关系的大学章程;在完善党委领导、校长负责的领导体制基础上，构建学术权力主导的高校内部管理体制——教授委员会制;推进政治体制改革，通过文化创新引领大学发展。