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进入21世纪以来,科技创新能力成为时代发展的重要课题。高校作为国家创新体系的主体之一,肩负着创新的重要使命,高校的科技创新能力是促进国家经济发展和社会进步的重要因素。但在影响高校科技创新创新能力发展的诸多因素中,政府科技经费投入无疑是最基础和最重要的因素。本文在内生增长理论和公共产品理论的基础上,首先明确了发展高校科技创新能力对经济的推动作用,其次揭示了政府对高校科技产出承担着重要的责任。同时分析梳理国内外学者在政府对高校的科技经费投入效率方面的学术成果,从而为研究政府科技经费投入对高校科技产出的效率奠定了坚实的理论与现实基础。其次,本文对广东省2007-2015年的政府科技经费投入总量和结构进行对比分析,发现广东省政府科技经费投入保持了逐年增加的整体趋势,且政府科技经费占高校科技经费的比重达到六成以上,是高校科技经费投入的主要来源。然后,本文选取政府科技经费投入作为唯一的投入指标,专著数量、学术论文、鉴定成果、技术转移收入和专利授权数量5个指标为产出指标,建立起政府科技经费投入效率分析模型,并利用皮尔森相关系数法检验了投入产出指标的相关性。再者,本文利用DEA-Malmquist模型分析了2007-2015年广东省政府科技经费对36所高校投入效率情况。发现广东省政府科技经费投入效率普遍偏低且差异很大,“部分高等专科院校”在创新成果的数量和质量方面都高于“211及省部共建高校”和“其他本科高等学校”。最后,根据广东省政府科技经费对36所高校投入效率的测度结果,本文分析和总结了了当前广东省政府对高校的科技经费投入效率低下的原因,并就如何提高广东省政府对高校投入的科技经费使用效率提出了一些对策建议。