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猪病毒性腹泻主要是由猪流行性腹泻病毒(PEDV)与猪传染性胃肠炎病毒(TGEV)所引起的一种急性肠道传染病，临床上以呕吐及严重腹泻为特征。PEDV和TGEV可以感染各年龄猪只，尤其对仔猪的危害最为严重，严重影响饲料转化率，降低饲料报酬，导致大量仔猪死亡，造成重大的经济损失。PEDV与TGEV同属冠状病毒，在临床症状、病理变化和流行病学上又极为相似，因此在临床上很难将其区分。本试验旨在建立能够同时检测出猪流行性腹泻（PED）和猪传染性胃肠炎（TGE）的双重RT-PCR检测方法。通过对RT-PCR引物浓度、最佳退火温度等条件进行优化，建立一个最优的检测体系。利用该体系对采自江西及周边地区的腹泻样本（N=121）进行检测，共检出PEDV阳性病料79份，检出率为65.3%；没有检测到TGEV，即检出率为0。同时，我们还试图构建一个人造的单股RNA内部控制模板（ssRNA internal control，IC）用于对实验中RT-PCR检测方法的监测，以降低实验系统的假阴性率，提高实验的可靠性。PEDV的S1基因是PEDV病毒的主要抗原区基因，是研究PEDV的分子流行病学和遗传变异的重要靶基因。我们设计了3对S1基因扩增引物，对11株江西省地方流行毒株进行扩增，获得了11条S1基因的全序列。通过对这些江西省地方流行毒株S1基因全序列的同源性及遗传进化树分析，发现11株江西地方流行株与CV777核苷酸及氨基酸的同源性分别为92.3%-92.8%和90.9%-91.2%，与参考株Chinju99的同源性为92.7%-93.1%和90.1%-90.6%；与参考株KNU-0905的同源性为94.7%-95.3%和92.9%-93.8%；与参考株LJB/03的同源性是93.5%-94.1%和92.8%-93.4%，所有实验分离株与韩国毒株KNU-0905（韩国株）的同源性最高，在进化关系上最相近。S1基因的系统发育进化树分析表明：11个江西地方流行株与30株PEDV参考毒株在遗传关系上被分为2个大的组群G1和G2；G1和G2又可进一步分为G1-1、G1-2及G2-1、G2-2。本研究分析的11株江西地方分离株全部集中在G1-1亚组群，与CV777疫苗株所在的G2-2组相距较远。通过对11株江西地方分离株S1基因序列比对分析发现，其与疫苗株、韩国株及早期中国分离株存在大量碱基的缺失、插入现象（以插入为主）。由遗传关系进化树可知现今流行于我国的PEDV野毒株及本研究获得的11株江西地方株与早年分离到的LJB/03（DQ985739）等毒株进化关系相距较远，而与韩国毒株在同源性及进化关系上最相近。本研究的发现，对更好地了解PEDV在江西地区的流行和进化情况，提供了科学依据，对研发更具针对性的诊断方法及更安全、高效的候选疫苗提供了分子生物学基础。通过对江西流行毒株S1蛋白诱导产生中和抗体的抗原表位域(COE)与抗原表位（S1D5，S1D6）与CV777的相应区域分析结果表明：11株江西株的COE序列没有氨基酸缺失和插入现象，但是均存在氨基酸位点突变，突变数目为7-9个不等，S1D5表位除在CH/JXZS-1/2013中有1个点突变外，在其余流行毒株非常保守；S1D6表位在CH/JXJJ-1/2013株、CH/JXJJ-2/2013株中有1个突变点外，其余毒株则完全保守。