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本研究定位于高校内部管理体制改革，综合运用理论分析与实证研究等方法，对高校管理机构“大部制”改革问题进行了探讨和分析。文章共分为三个部分，按七章内容分别论述。
第一部分包括第一、二章，主要是为展开论述做准备。“政府包办”影响和市场力量渗透的双重压力，使我国高校过度科层化，强化学术权力、尊重民主权利、制约行政权力理应成为改革方向。就高校管理机构改革而言，通过对高校组织管理研究文献的考察，文章指出，组织文化与包括市场、政府在内的环境等因素影响着高校组织变革。因此，高校管理机构改革应综合考虑这些因素，并将复归学术本位作为改革的出发点。
第二部分包括第三、四、五、六章，主要是对高校管理机构“大部制”改革作具体论述。第三章论述了其渊源和内涵，指出高校管理机构“大部制”改革是借鉴政府机构改革经验的产物，它是高校从学术本位和精简效能要求出发，围绕转变管理职能的核心使命，通过合并职能相近部门以拓宽单个部门管理职能，并向基层和学术组织分权，推进管理重心下移而建立的内部管理体制。此项改革具有机构精简、管理职能转变和分权三重意义，而高校设置精干的管理机构则有天然的合法性。
此项改革是否必要?第四章对我国本科高校管理机构设置情况进行了抽样调查。在分析其特点的基础上，本文认为，高校管理及其机构设置存在分类不清、机构臃肿、效率效能低下、权力失衡等问题，政府与市场的过度干预强化了行政主导地位。因此，高校管理机构“大部制”改革作为向学术系统分权、提高管理效能与效率的措施和遏制高校过度科层化合理途径，是有必要实施的。
那么应当如何改革?第五、六章分别就改革的目标与原则、改革的体制与结构设计进行了论述。改革以服务学术、理顺关系、权力制衡和提高效率为目标，以适度借鉴、循序渐进、精简效能、因“校”制宜、民主参与为原则。改革的实施路径则是重新定位高校管理职能，实现抓大局、重保障、促服务；推进高校管理重心下移，扩大基层和学者的自主权；进行职能部门的裁撤与重组，精简管理机构和行政人员。本章还设计了机构改革的参考方案以诠释上述思路。
第三部分为第七章，主要论述改革的前提与保障措施。落实高校办学自主权是高校管理机构“大部制”改革的重要前提，高校应对政府和市场保持必要的独立性。同时还要加强制度与文化建设，为改革提供刚柔相济的保障体系。