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从 5 个天然居群(金溪、庐山、井冈山、武宁和瑞昌)采集羊踯躅样品，用改良的2×CTAB法从样品叶片中提取基因组DNA，优化了PCR循环参数，建立了ISSR-PCR扩增的最佳反应体系，从167条随机引物中筛选出多态性好且清晰度高的引物，并用筛选出的引物对39个羊踯躅个体的基因组DNA进行扩增，对羊踯躅居群的遗传多样性和遗传结构进行了研究。
实验结果表明用丙酮对样品进行预处理可以提高产物的纯度。ISSR-PCR扩增条件经过优化后确定为在25μl 的 ISSR-PCR 反应体系中，各项因子最适条件为：模板 DNA30～45ng/25 μl，Mg<2+>2.0～2.5mmol/l，dNTPs0.1～0.15mmol/l，引物0.3～0.4 μmol/l，Taq 酶0.5～1.0U；10×PCR buffer 2.5μl，加ddH<,2>O至25μl。其热循环参数为：94℃预变性5min，之后进行30个循环(94℃1min，55℃30s，72℃2min)，最后72℃延伸7min后在4℃终止反应。
本研究对167条ISSR引物进行了筛选，筛选出多态性好且清晰度高的13条引物用于5个居群39个样本的扩增。结果共检测到196个位点，其中190个为多态性位点，多态性位点百分率(PPB)为96.94％。
根据不同个体的扩增图谱构建了0、1矩阵输入计算机。数据处理结果如下：POPGENE 分析表明羊踯躅具有丰富的遗传多样性(H=0.3342，I=0.5007)。Nei’s遗传多样性和AMOVA分析表明，居群间存在有一定的遗传分化(Gst分别为0.5084和0.5320)。由UPGMA聚类分析可知金溪、庐山、井冈山和武宁四个居群聚为一支，瑞昌居群单独作为一支。由Mantel相关性检测可知，居群的遗传距离与地理距离有一定的相关性，但并不显著。
通过对羊踯躅遗传多样性和遗传结构的研究，提出了保护羊踯躅遗传多样性的策略：1．实施就地保护和迁地保护策略：2．建议在居群间进行植株和幼苗移栽，以提高居群间的基因交流，以最大限度保护羊踯躅的遗传多样性；3．保护和重建羊踯躅居群的适宜环境。