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21世纪的企业竞争已不再是产品价格、功能、服务等的低端竞争，更体现在企业对于人力资源的争夺。医药研发企业要想在新的挑战中立于不败之地，就必须突破传统的人力资源管理模式，增强现代绩效管理意识，建立有效的绩效考核体系，以带动企业经营绩效的改善。本文首先系统阐述了绩效管理理论和方法的同时，详尽阐述了医药研发企业特点，医药研发企业的研发周期长，研发环节多并具有很大的不确定性。分析了当今医药研发企业存在的普遍问题，深入挖掘了其深层次的原因。本文采用理论研究和应用研究相结合的方法，主要通过文献资料法、经验总结法、案例研究发、调查问卷法等组织行为学的研究方法来对医药研发企业绩效管理进行研究，坚持定性分析和定量测算相结合。接着，笔者以S公司研究院为例，分析了该公司研发绩效管理中存在的问题，结合S公司的战略目标、业务和特点，提出了医药研发企业绩效考核体系的改进对策，运用KPI建立绩效管理模型，设计出符合企业特点、科学有效、切实可行的绩效管理体系。本文认为绩效管理的实施不仅能及时激励表现好的员工，也能对懒惰的员工给予监督，充分发掘员工的优势和潜力。绩效管理作为一种有效的企业管理手段,在评价与激励员工,增强企业活力和竞争力,促进企业发展和提高企业市场地位等,发挥着至关重要的作用。建立符合企业特点、科学有效、切实可行的绩效管理体系无疑对企业的快速发展起到巨大的推动作用。