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近年来，受气候变化与人为活动影响，世界范围造礁石珊瑚白化现象日益严重，许多地方石珊瑚生态群落已明显退化。本研究通过对变异位点和成对序列差异比较得出最适合用于澄黄滨珊瑚群体遗传多样性的分子标记方法，并用该分子标记探讨4个地理区域共11个澄黄滨珊瑚群体的遗传结构和遗传多样性，评估不同群体的遗传分化和之间的连通性，为珊瑚礁保护及受损珊瑚礁修复提供遗传学上的依据，主要结果如下： 1、通过对序列的变异位点和序列差异筛选得出，ITS序列可以用于澄黄滨珊瑚的群体遗传的分析，而其中的ITS1与ITS2联合序列可作为分析澄黄滨珊瑚群体遗传多样性和遗传结构的良好标记。 2、本研究的台湾、大亚湾、三亚和印尼蓝碧海峡4个海区共11个群体270个澄黄滨珊瑚个体，除了大亚湾的2个群体外，其余群体的遗传多样性都比较丰富，整个群体经历过扩张事件。同一地区内的不同群体间遗传分化程度很低，基因交流频繁。大亚湾各群体由于多种原因导致珊瑚生态群落退化，当地珊瑚群体遗传多样性较低，但是当地的群体间基因交流值很高，说明群体间没有地理隔离。 3、中国与印尼群体的基因流分析显示两地基因交流值大于4，从分子生物学角度间接验证我国沿岸珊瑚礁区域的造礁石珊瑚与西沙群岛及南海诸岛的珊瑚礁具有亲缘关系。