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牦牛主要分布在青藏高原及其毗邻的高山和亚高山地区,是当地牧民主要的肉食来源。传统的饲养方式和特殊的生活环境使其形成了独特的肉品质。牦牛肉品质形成的分子机制目前仍不明确。为了更好地解析牦牛肉品质形成的遗传调控机制,本研究以成年牦牛和黄牛的背最长肌为研究对象,利用荧光定量PCR(Q-PCR)、气象色谱-质谱联用(GC-TOF-MS)、同位素标记相对和绝对定量技术(i TRAQ)等方法分析了牦牛和黄牛肌肉中肌纤维组成、代谢物和蛋白质的差异,为传统放牧模式下牦牛肉品质的选育和牦牛分子育种提供科学依据和理论支撑。1.与黄牛肉相比,牦牛肉的PH45min、a*值和系水力较高,肌内脂肪含量较少且嫩度较低。通过分析背最长肌中不同肌纤维类型分子标记(My HC I、My HC IIA、My HC IIX和My HC IIB)的表达量,发现牦牛背最长肌中I型肌纤维(慢速氧化型)的含量显著高于黄牛(P<0.05),而IIA型(快速氧化型)和IIB型肌纤维(快速酵解型)含量显著低于黄牛(P<0.05)。Pearson相关性分析发现,牦牛和黄牛My HC I m RNA的表达量与PH45min值、a*和系水力呈正相关,与L*值呈显著负相关,My HC IIB m RNA的表达量与a*值呈显著负相关,与L*值呈显著正相关,My HC IIA m RNA的表达量与肌内脂肪含量呈显著负相关。说明肌纤维组成是影响牦牛和黄牛肉品质的重要因素。2.利用GC-TOF-MS技术检测了牦牛和黄牛背最长肌中的代谢标志物。共筛选到17种浓度有显著差异的代谢物,其中葡萄糖-6-磷酸、2-羟丁酸、肉豆蔻酸、亚麻酸、油酸、甘露糖基甘油酸、麦芽糖、尿苷、果糖、天冬氨酸和戊二酸在牦牛背最长肌中浓度上调,黄嘌呤核、洋地黄毒糖、葡糖酸、烟酸、核糖酸,γ内酯和谷氨酸在黄牛背最长肌中浓度上调。牦牛背最长肌中浓度上调的代谢物显著富集在糖酵解和不饱和脂肪酸合成的代谢通路中,黄牛背最长肌中浓度上调的代谢物显著富集在嘌呤代谢和烟酸与烟酰胺代谢通路中。相关性分析表明牦牛背最长肌中葡萄糖-6-磷酸的含量与PH45min呈显著正相关,黄牛背最长肌中烟酸含量与肌内脂肪含量呈显著正相关。这些结果表明,牦牛和黄牛背最长肌中的碳水化合物和脂类的代谢强度不同,葡萄糖-6-磷酸可作为牦牛肉PH45min的候选代谢标志物。3.利用i TRAQ和双向电泳技术筛选了牦牛和黄牛背最长肌中的差异蛋白质。在牦牛和黄牛背最长肌中鉴定到458种蛋白质,大部分蛋白质等电点在4-10之间,极酸性和极碱性蛋白很少。在牦牛背最长肌中表达量上调的蛋白有57种,显著富集在三羧酸循环、脂肪酸代谢、氧化磷酸化等通路中,在黄牛背最长肌中表达量上调的蛋白有46种,显著富集在糖酵解/糖异生、丙酮酸代谢等通路中。通过相关性分析筛选到12种与牦牛肉品质性状相关的蛋白,其中CAPN1、LDHB、IDH2、HSPB6、CRYAB、SOD1和HADH与嫩度显著相关,PGM1和ATP5A1与PH45min显著相关,NDUFS2、MDH1和SOD1与肌内脂肪含量显著相关,HBA与肉a*值显著相关。