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赤皮青冈(Cyclobalanopsis gilva)属壳斗科青冈属常绿乔木,树干通直,材质坚硬,是优良的珍贵用材树种,具有重要的经济价值和生态效益,现已被列为国家II级保护植物。本文利用ISSR分子标记技术对来自湖南,浙江分布区内的7个居群共140个样本进行遗传多样性和遗传结构分析,研究居群内和居群间的遗传多样性水平,揭示不同地理分布区赤皮青冈居群的遗传关系,为赤皮青冈资源的有效保护、合理利用及遗传改良策略的制定提供理论依据,研究结果及方法如下：1、确立了适合于赤皮青冈的ISSR-PCR反应体系。通过单因素试验对影响赤皮青冈ISSR-PCR反应体系的5个主要因素进行研究,初步确定各个因素的最适浓度范围；再通过正交设计和直观分析对PCR扩增体系进行深度优化,最后得到一套赤皮青冈ISSR-PCR扩增的最佳反应体系：即在20μL反应总体系中模板DNA为20ng, dNTPs浓度为02mmol/L, Mg2+浓度为25mmol/L,引物浓度为02μmol/L, Taq DNA聚合酶为1.0U,并得到赤皮青冈ISSR-PCR反应最佳扩增程序。2、以优化好的反应体系为基础,从100条ISSR引物中筛选出13条多态性引物,对赤皮青冈7个居群共140个DNA样品进行遗传多样性研究。13个引物共检测到140个位点,其中多态位点111个,总的多态位点百分率(P)为79.29%,各居群P值在61.42%～75.00%之间,洞口居群最高,桑植居群最低。赤皮青冈居群总体水平上的Shannon信息指数(I)为0.4514,各居群I值在0.3234～0.4193之间,Nei基因多样性指数(H)总体水平为0.3021,各居群H值在0.2164～0.2871之间,I值和H值都是靖州居群最高,桑植居群最低。以上遗传分析结果表明,赤皮青冈各居群内遗传多样性水平相对较低。3、赤皮青冈居群间的遗传分化较大,基因分化度(Gst)为0.0613,这表明,赤皮青冈的遗传变异大部分存在于居群内,居群内的遗传变异占总变异量的93.87%,居群间的变异为6.13%。基因流(Nm)为3.8283,Nm>1,结果显示,赤皮青冈居群间的基因流水平可以防止遗传漂变的作用,降低局部产生的变异,维系居群间的相似性。4、7个居群遗传距离的聚类结果表明,地理距离较近的居群聚在一起,居群间遗传距离的大小与居群间地理距离的远近有一定的相关性。居群间遗传距离(D)值在0.0260～0.1596之间,其中湖南永定居群和湖南桑植居群的遗传距离最小,湖南靖州和浙江庆元的遗传距离最大,这些结果显示,赤皮青冈居群地理距离的远近是影响居群遗传变异的主要因素。5、对现有赤皮青冈7个居群的ISSR遗传多样性和遗传结构的分析结果表明,赤皮青冈资源匮乏的主要原因不是来自遗传变异,而是来自人为的干扰和生境的破坏,据此,对赤皮青冈现存居群的保护提出了相应的策略：提高林农护林意识、建立保护区、对该物种展开深入研究、建立种质资源库。