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在当今世界经济一体化、社会信息网络化的背景下，无论政府还是企业都面临各种各样的危机。当前由美国次货危机引发的金融危机袭卷全球，正挑战着世界各国政府社会与经济的治理能力，企业也面临生死攸关的考验。现阶段我国正处于经济转轨、社会转型的变革时期，也是危机频发的时期，尤其需要政府增强危机应对能力。公共卫生是公共品，具有公共产品的性质，由政府直接提供。2003年在中国爆发的SARS危机，造成了政治、社会、经济和人们生命财产的巨大损失，也显现出政府处理公共卫生危机重大缺陷，SARS危机使人们意识到如何建立与完善公共卫生危机管理体系，充分发挥政府效能，提高政府应对公共卫生危机的能力是值得我们进一步探讨的命题。SARS之后我国政府对公共卫生管理机构与管理体制进行了一系列的整合与改革，2008年初手足口病的防治正是对SARS之后的公共卫生危机管理体制的检验。本文通过对我国政府SARS和手足口病防治的分析与对比，试图就如何建立与完善我国公共卫生危机管理体系，充分发挥政府效能，提高政府应对公共卫生危机的能力等相关问题做出阐述。
本文从政府危机管理职能出发，以我国SARS防治为例，从法律完善、组织体系建立、政府投入及政府危机管理运行机制等几个方面剖析SARS前我国公共卫生管理体制的弊病；以手足口病防治为例，归纳SARS防治后我国公共卫生管理的变化与进步，对比美国、日本两国公共卫生体系，同时借鉴两国先进经验，提出构建符合我国国情的公共卫生危机管理体系的基本框架，认为我国的公共卫生危机管理体制应由预警机制、处理机制、支持机制和善后机制四个部分构成。