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隐花草属植物在系统学处理上存在许多争议.英国人William Aiton于1789年在他的著作《HOrtus Kewensis》建立隐花草属Crypsis Ait,Hitchcock & Chase将该属放入剪股颖族 Agrostideae 中,Pilger (1956)将其放入鼠尾粟族Sporobolinae中,Watson & Dallwitz(1992)将隐花草属放入虎尾草族Chlorideae中,吴征镒等(2003)将该属放入画眉草族Eragrostideae中的鼠尾粟亚族Sporoboleae中,在《中国植物志》中,将该属放入鼠尾粟族Sporobolinae的鼠尾粟亚族Sporoboleae中,张宏达将该属放入画眉草族Eragrostideae中,而在《东北草本植物志》中又将该属放入鼠尾粟族Sporobolinae中.因此对隐花草属植物的系统学研究,每位专家都持有不同的意见,所以,隐花草属的系统学问题还需要进一步研究.
本文对禾本科各亚科植物的叶表皮微型态以及颖果形态用光学显微镜进行观察研究,在叶表皮方面主要观察了长细胞的形状、脉间短细胞的形状、脉上硅细胞的形状、气孔副卫细胞形状、有无微毛、刺毛或乳突等特征,在颖果方面主要观察了颖果的立体轮廓、种脐形态、腹面是否平坦、胚比、花柱基的有无以及颖果的压扁方式等特征,研究发现隐花草属植物与鼠尾粟鼠植物存在密切的关系,而与乱子草属关系较远,建议将两属植物合为-族--鼠尾粟族,将乱子草属从该族中移出.
以禾本科淡竹以及麻竹为外类群,对禾本科隐花草属及画眉草亚科邻近的代表属、种进行了细胞核的ITS序列以及叶绿体的tmL-F序列进行了测定,其中部分序列摘自Genbank.通过测得的基因序列来分析,可以看出画眉草亚科不是单系类群,其中的画眉草属聚到了该亚科其余该属的外面.隐花草属与鼠尾粟属以及大米草属聚为一支,可以看出这三者的亲缘关系非常近.Khidir W.Hilu&LawrenceA.Alice(2001)等人通过叶绿体的mat K序列来研究虎尾草亚科Chloridoideae族间属间的系统学关系,并对该亚科做了系统重建,该研究证明鼠尾粟亚族是多系的,这些种的matK序列证明乱子草属并不是单系的,该研究没有将隐花草属加进去,但是却有画眉草亚科的绝大部分属,包括和隐花草属亲缘关系最近的鼠尾粟属,在聚类分析时也出现了米草属聚到鼠尾粟属内部的情况,但作者对此也表示难以理解.本文又运用细胞核和叶绿体的基因片段对画眉草亚科进行系统重建,发现画眉草属远离画眉草亚科其余各属,隐花草属、鼠尾粟属以及米革属聚到了一起,说明该三属从分子进化的角度看,具有一定的亲缘关系.综上所述,基于ITS和tmL-F序列的分析,支持将鼠尾粟属和隐花草属合为鼠尾粟族,至于米草属于该族的内部进化关系,则需要更多的证据来充分论证.
综合形态与分子证据,本文支持将隐花草属和鼠尾粟属合为一族一鼠尾粟族Sporobolinae,而将乱子草属从该族中移出,这支持了Peterson et al.(1995,1997)的观点,而与Hitchcock & Chase、Pilger(1956)、Gould & Shaw(1983)、Clayton &Rcnvoize(1986)、Valdes-Reyna & Hatch(1991)、《中国植物志》和吴征镒等(2003)的观点不一致,并认为画眉草亚科是一个并系类群.