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底泥微生物群落是池塘生态系统的重要组成部分，在促进底泥有机质分解、加速底泥营养盐释放和保持良好养殖环境等方面具有重要意义。为全面了解池塘底泥微生物群落的结构和功能，本论文用16S rDNA克隆文库和末端限制性片段长度多态性(T-RFLP)方法研究了湖北省石首市-主养草鱼池塘底泥微生物群落多样性，分析了底泥微生物群落结构的周年演替过程，探讨了底泥微生物群落结构与环境之间的相互关系。
池塘底泥细菌16S rDNA克隆文库显示，底泥中微生物种类丰富，微生物群落的Shannon多样性指数(H’)为3.85，Schaol丰富度指数为185，Eveness均匀度指数(E)为0.96。底泥中主要的细菌类群为：变形菌门(Proteobacteria)(53.66％)、厚壁菌门(Firmicutes)(14.63％)、酸杆菌门(Acidobacteria)(7.32％)、拟杆菌门(Bacteroidetes)(7.32％)、绿弯菌门(Chloroflexi)(3.66％)、放线菌门(Actinobacteria)(3.66％)、浮霉菌门(Planctomycetes)(2.44％)和分类地位未知(Unclassified bacteria)(7.32％)的菌群。池塘底泥中出现了一些生态功能重要的细菌，例如磷代谢功能菌阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)和鱼类病原菌洛菲不动杆菌(Acinetobacter lwoffii)，这些细菌的出现表明池塘底泥既是生态修复功能菌的资源库，也是鱼类细菌性疾病的病原库。
T-RFLP方法对草鱼池塘底泥微生物群落的季节动态研究发现养殖池塘底泥微生物群落物种数量的最低值出现在2010年1月，为38种；最高值出现在2010年5月，为96种。Shannon多样性指数(H’)最低值出现在2010年1月，为2.57；最高值出现在2010年5月，为4.12。Eveness均匀度指数(E)最低值出现在2009年6月，为0.46；最高值出现在2010年6月，为0.63。这些结果说明，池塘底泥微生物群落在夏秋季节物种丰富，多样性高，而在春冬天物种数少，多样性低。
最后，用典范对应分析法(CCA)分析了池塘底泥微生物群落结构与底泥环境因子间的相互关系。结果表明，底泥微生物群落结构与所选的环境变量有较强的相关性，其中，与底泥pH和总磷(TP)相关程度较高，与总氮(TN)相关性稍弱。