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20世纪起，生态系统概念的提出和发展全部都离不开对生态学整体论的认识与探讨，伴随着本体论与方法论上对生态学整体论地位的不断调整，生态系统的研究在近一个世纪内取得了瞩目的进展。 本文第一章对整体论以及生态系统的概念溯源进行了历史梳理，第二章介绍了在20世纪初系统生态学的出现成为生态学研究的核心，系统生态学的研究普遍带有整体论的观点，而方法论上还原的手段也是必不可少的。奥德姆兄弟的研究将生态系统整体论与还原论之争推向了一个至高点。并借用莱文斯的观点对生态系统中的整体论认识进行了新的解读。第三章分析了当下对于生态系统中核心问题的研究，有关生物多样性、生态系统功能以及生态系统功能实验的研究越来越多，而生物多样性与生态系统功能的争论离不开生态系统生态学中多样性和稳定性之间关系的研究，多样性稳定性之间的正相关的关系通常与某种形式的整体论相关，而怀疑论者则普遍与还原论相关联。关于生态系统功能概念的模糊定义，使得对生态系统研究中认识论上的整体论与还原论再一次对立。第四章探讨了当代关于生态系统的研究，能量、物质以及生态系统的“连通性”都是我们应该关注的重点，因而引入进化理论的观点对生态系统的研究来说是不可或缺的。新的地球系统观的兴起，使越来越多的人开始关注生物多样性的丧失以及生态系统的功能研究问题，在有机体不断发生演化的过程中，进化理论的引入弥补了实验模型的不足，因此引入进化理论的生态系统整体论研究是有必要的。通过这几章的探讨，我们认为对于生态系统的研究来说，在承认整体论的本体论地位基础上，方法论上引入还原论的观点也应该与整体论相并重的。通过进化理论下的生态学整体论发展视角可以帮助建立关于生态系统概念起源与发展的完整描述，从哲学层面阐释生态系统的本质以及理论形态的演变进程与发展方向。