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冠果蝇属(Stegana)隶属于果蝇科(Drosophilidae)、冠果蝇亚科(Steganinae)，已知种类达到150多种，仍还有大量未描述的种类。冠果蝇属与阿绕眼果蝇属(Amiota)，伏绕眼果蝇属(Phortica)和白果蝇属(Leucophenga)并列为冠果蝇亚科中的四大类群，各自报告种类均达110种以上，且主要分布在东洋区。拟冠果蝇属(Pseudostegana)属和副冠果蝇属(Parastegana)是东洋区的特有类群，原都属于冠果蝇属，后根据形态数据将它们分别提升为属级阶元。本研究以东洋区产冠果蝇属(15种)、拟冠果蝇属(8种)和副冠果蝇属(3种)为材料，白果蝇属两个种作为外群，扩增线粒体基因ND2、COI以及核糖体基因28S rRNA的序列，使用MEGA3.1、DAMBE、Modeltest3.7、PAUP*4.0b10、MrBayes 3.2.1、TreeRot．v2等软件对单基因和合并基因数据进行分析，并对合并基因进行了PHT检验和PBS分析。利用最大简约法(MP)、贝叶斯法(BI)分别构建了系统发育树，进行系统发育关系分析，并进行了分歧时间进行了推断。