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本研究利用RAPD和SSR两种标记技术对36份贵州主要玉米种质进行了聚类分析、遗传多样性研究及其指纹图谱构建，并对两种分子标记应用于玉米种质研究进行了系统的比较。主要结果如下：
1.利用110个RAPD随机引物和86对SSR引物分别对供试的36份自交系进行分子标记分析。筛选出的22个RAPD引物共扩增出148条谱带，其中142条带具有遗传多态性，占谱带总数的95.95％，平均每个引物有6.45条；筛选出的34对SSR引物扩增产物多态性较好，以此34对引物为本研究的SSR核心引物，这34对SSR引物在所有供试自交系中共扩增出158条多态性谱带，变幅为3～10条，平均每对引物4.65条。这其中涉及34个SSR位点，共检测到158个等位基因变异，每个位点平均等位基因数为4.65个。SSR标记呈共显性，每个位点的分辨力更高，而且重复性、稳定性均比RAPD标记好，所以SSR标记更可取。
2.从22个RAPD引物中选择多态性好的10个引物对36份供试自交系进行聚类分析，36份自交系聚为6大类，此分子标记的聚类结果大部分和系谱吻合；而根据16对SSR引物的扩增结果，进行聚类分析，36份自交系聚为5大类，SSR标记的聚类结果与RAPD标记的聚类结果基本相符，并且该标记聚类结果比RAPD标记更符合系谱。
3.根据RAPD标记结果，36份供试自交系之间的遗传相似系数范围为0.37～0.83；而根据SSR标记结果计算的遗传相似系数范围为0.21～0.89。两种标记揭示的遗传距离(GD=1-GS)不同，SSR标记揭示的遗传距离范围更广泛。
4.本研究从筛选出22个遗传多态性强的引物中选取S36、S53、S401、S403，4个引物，利用它们的指纹组合，能区分所有不同的供试自交系。这样就构建了供试自交系RAPD标记的DNA指纹图谱；从34对SSR核心引物中选取Phi072、Bmc1108、Phi080、Bmc1614、Zag238、Zct161，6对引物，利用它们的指纹组合，构建了SSR标记的DNA指纹图谱。SSR标记为特异性分子标记，它的分辨力更高，重复性、稳定性更好，更可取。