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质谱(MS)技术对富含蛋白质的物种样品鉴定具有特殊的优势，识别物种特异性肽段是蛋白质组学中至关重要的一步。然而，对于高度同源性的物种，它们的蛋白质序列通常具有比较高的相似性，用常规的蛋白质组学样本处理和分析方法选择物种特异性肽段是非常具有挑战性的。在本论文中，我们选择山羊绒纤维和细羊毛纤维中的角蛋白(keratin)和基质蛋白(KAPs)这类高同源性蛋白作为靶标，基于理论预测和实验分析发展了双酶联合酶解的实验流程方法，金黄色葡萄球菌V8蛋白酶(Glu-C)和胰蛋白酶(trypsin)联合使用因能鉴定到更多的角蛋白和基质蛋白而显示出最佳的酶解性能。随后平行反应监测(PRM)技术被用来验证和定量选定的物种特异性肽段标志物，标准的混合纤维样品和真正的纺织品用PRM方法测定成功。此外，对比现有的Uniprot山羊蛋白质数据库，我们从山羊纤维中多鉴定到了360多种角蛋白和基质蛋白肽段。因此我们期望这个新方法能够改善角蛋白和基质蛋白的鉴定和定量，并为区分其他高度同源的蛋白质提供研究思路，我们也预计在本论文中验证的物种特异性肽段有益于工业纺织品的质量评估。 以连续窗口采集所有理论碎片离子光谱(SWATH)技术为代表的数据非依赖性采集模式(DIA)近年来在蛋白质组学分析上引起了广泛的关注，因为DIA能够克服常规DDA方法中随机性、离子强度依赖性的固有弱点，同时保持了靶向分析方法的主要优势，如高特异性、可重复性和灵敏度，并且为蛋白质组定量提供了更高的通量和重现性。原始质谱数据质量和数据挖掘方法可以影响SWATH蛋白质组学定量的通量、准确性和一致性，而一直缺少对SWATH方法的数据采集和处理参数的系统评价和优化。在此，我们评价了主要数据采集参数如一级离子质量范围、窗口宽度、累积时间以及数据处理变量如离子峰提取标准、谱图库选择对SWATH定量的影响。与大多数研究采用的默认设置相比，对这些相互影响的参数进行调整优化有助于研究者深入了解SWATH定量实验中的关键因素，并显著提高SWATH定量的通量和准确性。鉴于SWATH质谱技术对于肽段定量分析的优越性，我们预计该技术能够进一步提高对动物纤维分子标志物检测的精确性，从而发展更加可靠的工业动物纤维和纺织品的质检新方法。