论文部分内容阅读
由于小分子靶点的鉴定是药物开发的一个关键步骤,药物靶点研究已经在制药工业和学术界引起人们的广泛兴趣。某些药物之所以高效且副作用小,主要是因为选择了合适的药理靶点。离子通道蛋白代表着一类具有高吸引力的蛋白,目前已证明与一系列疾病有关,特别是心血管类疾病和神经性疾病。但是由于实验技术的限制以及膜片钳电生理学的低通量的本质,离子通道蛋白仍然是一类待开发的靶点蛋白。在我们的研究中,我们基于已知的药物靶点蛋特性,应用经典的支持向量机方法从离子通道蛋白中试图挖掘潜在的药物靶点。我们融合了蛋白质的三类特征:蛋白质一级序列特征,二级结构特征和亚细胞位置特征。此外,我们做了两阶段的预测。在阶段1中,我们基于全基因组的药物靶点的特性来预测离子通道药物靶点,首先我们运用Mann-whitney U检验对特征进行了筛选,然后应用SVM方法对离子通道蛋白进行预测,并且设计了新的评价指标Q来对预测结果进行排秩。在阶段2中,我们基于已知离子通道药物靶点的特性来进行预测,此外我们用遗传算法来进行特征筛选。最后我们整合了两阶段预测的结果,发现了5个离子通道蛋白在两阶段预测中都出现了,它们分别是CGMP-gated cationchannel beta suburlit,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-5,Transient receptor potential cation charnnel subfamily M member3,Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1,Yoltage-deperidentcalcjum channel gamma-5 subunit,其中的四个蛋白证明和一些神经性疾病有关。总而言之,我们的研究挖掘出了一些的新的离子通道靶点,相信能给治疗该类疾病的药物研究提供一些有用的候选靶点,这表明了我们预测策略的有效性。