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本文在前人研究的基础上，采用RAPD和ISSR分子标记技术，构建出中等密度的龙眼分子遗传图谱，并对6个龙眼品种的遗传杂合度进行了分析，为龙眼的分子辅助育种奠定了一定的理论基础。本研究的主要结果如下：
1、对以广东主栽品种石硖为母本杂交创建的“石硖×中秋一号”的F1群体共284株进行了真假杂种鉴定，根据父本的一个纯合显性位点，鉴定出真杂种88株，“石硖×中秋一号”F1代杂种群体中真杂种所占的比例为30.98％。
2、对龙眼的6个品种白露、石硖、赤壳、马岗埔、风梨朵和大乌圆的自交后代进行了分子标记分析，发现不同品种的杂合度差别较大，通过品种之间的遗传距离预测的后代杂种优势和两两品种之间杂交预期后代可能出现杂合位点的情况不大一致。本研究认为可以把遗传杂合度作为亲本选择的一个标准，遗传距离则可作为参考。
3、分析了龙眼作图群体“风梨朵×大乌圆”F1代中生长势最弱的3个单株FD13、FD19、FD84与双亲及母本自交苗之间的关系，发现FD13、FD19、FD84父本特征带占总位点的比例仅为7.4％、3.7％、0％，而10株真杂种苗父本特征带比例在40％-76％之间，其平均值为54.4％；亲缘关系树状图表明，三个弱株与母本凤梨朵的亲缘关系较近，与父本的关系相当远；结合二者结果，推测三个弱株很可能是缺少部分父本染色体(或染色体片段)的非整倍体(亚倍体)，有待细胞学的研究验证。
4、对龙眼ISSR反应体系中的各个主要影响因子进行了正交优化试验，结果表明，在25μL ISSR反应体系中，各组分的最适用量分别为：1×Buffer(含15mM Mg<2+>)、1.0mmol/L Mg<2+>、0.15mmol/L dNTPs、Taq DNA聚合酶0.75U、引物0.4μmol/L、模板25ng，而且每个引物的最适退火温度各有不同。
5、以“凤梨朵×大乌圆”F1群体的94个单株为作图群体，筛选出扩增稳定、多态性丰富的128个RAPD引物、24对RAPD引物组合以及36个ISSR引物，对大群体进行了分子标记分析，共获得父本分离标记位点115个、母本分离标记位点89个和共分离标记位点86个，经卡方检验，共有31个位点偏离孟德尔分离，比例为9.40％。分别采用JoinMap 3.0和MapDisto 1.5.3all两种软件进行连锁分析，得到大乌圆(父本)和风梨朵(母本)的分子遗传图谱。其中用JoinMap3.0构建的大乌圆分子遗传图谱包含92个位点，形成25个连锁群，覆盖总图距713.6cM，位点之间的平均遗传距离为7.76cM；凤梨朵分子遗传图谱包含79个位点，形成13个连锁群，覆盖总图距为519.6cM，位点之间平均遗传距离为6.6cM，连锁群的平均长度为39.97cM。用MapDisto 1.5.3 all构建的大乌圆分子遗传图含有81个位点，形成22个连锁群，覆盖总图距805.1cM，位点之间平均遗传距离9.9cM；凤梨朵分子遗传图谱含有64个位点，形成14个连锁群，覆盖总图918.9cM，位点之间平均遗传距离14.4cM。两种软件的作图结果有一定的差异。