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目前草食家畜在畜牧业中的地位越来越重要,我国是世界上山羊饲养量最多的国家,也是山羊品种资源最为丰富的国家之一。但是,一方面我们对我国山羊品种资源的起源、迁移、演化、种群遗传状态等系统发育信息了解甚少。另一方面,在注重竞争与经济效益的市场经济体制下,受到外来高产高经济效益山羊品种的强烈冲击,我国已出现带有全局性的山羊品种资源危机。对家畜遗传多样性的研究有助于做好品种资源的保护和利用。线粒体DNA测序是目前家畜分子进化和遗传多样性检测的最可靠和最常用的分子标记之一。因此,在本研究中,对我国10个家养山羊品种140个个体的mtDNA D-loop区进行测序分析,所得结果如下:1、10个家养山羊品种中,整个D-loop区为1211~1213bp, 171个多态位点。其中核苷酸多样性(Nucleotide diversity,Pi)为:0.02063±0.00225,单倍型多样性(Haplotype gene diversity, Hd)为:0.988±0.003,平均核苷酸差异数(Average number of nucleotide differences)k: 24.896。表明我国家养山羊品种遗传多样性丰富。2、所测定的10个中国家养山羊品种的140个个体共定义了84种单倍型,其中77种为各品种特有的单倍型,共享单倍型较少,只有7种。这些单倍型共分为两大支系:A支系(包括62条单倍型)广泛存在于各山羊品种中,支系B(包括22条单倍型)除了戴云山羊以外,均在其他山羊品种中有分布,但频率较低。3、所有序列的Tajima′s D中性检验,其值的变化范围为:-1.31219~1.71696,均不显著(P>0.10),符合中性突变,同时也说明中国部分家养山羊在过去没有出现群体扩张。4、我国家养山羊品种间的遗传距离为0.010~0.026。其中,川东白山羊与戴云山羊的遗传距离较小,为0.010;古蔺山羊与隆林山羊遗传距离较远,为0.026。10个品种中,每个品种的种内遗传距离范围为0.002~0.025。其中,戴云山羊种内遗传距离较近,为0.002;隆林山羊种内遗传距离较远,为0.025。10个品种平均遗传距离为0.020说明我国山羊品种间遗传距离变异较小,基因交流较频繁。5、通过构建NJ进化树,得出中国部分家养山羊主要分为两大支系,并且其中一支与角骨羊(Capra aegagrus)聚在一起,而旋角野山羊(Capra falconeri)单独聚为一支,说明角骨羊对中国家养山羊贡献较大。