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福建省地处我国东南沿海，东临台湾海峡，与台湾隔海相望，海域辽阔、岸线曲折，约有海域面积13.6万平方千米，海岸线资源居全国之最，其独特的资源优势和区位优势，是海峡西岸经济区扩大对外开放、全面参与经济全球化的重要战略资源。但是，由于传统的管理模式的弊端，福建海域的开发利用在环保方面呈现出海域环境承载负荷高强度、海洋环境将面临严峻考验、多次大面积的围填海行为使海域自净能力大为减弱等特点，使得福建海域的环境问题日益凸现，严重制约了经济、社会和生态的可持续发展。 基于以上背景，本研究在充分调研的基础上，尝试引进一种新的管理方式，即基于生态系统的海洋管理（EAOM），为以上问题的解决提供参考。 首先，系统介绍了福建海域的基本情况和存在的主要环境问题，发现污染严重、渔业资源衰退及海洋生态系统破坏是制约该海域经济社会可持续发展的主要因素。其次，在论述EAOM作为一种方法论的基础上，结合我国福建海域生态系统的特点及开发利用特征，系统阐述了在我国实施海洋生态系统管理的必要性与紧迫性。再次，针对目前福建海域的资源和管理现状，分析了福建海域实施EAOM的可行性，以厦门海域为例，通过EAOM体制介绍，方法融合，成果总结及经验分享等，为EAOM理念应用于福建海域EAOM实施提供了具体做法和典型案例。最后，提出发展建议，即：相关政府部门应抓住有利时机对福建海域实施基于生态系统的海洋管理，在各领域紧密合作、协同一致的基础上，统筹人、生物和自然因素，使福建海域生态系统能够得到恢复并实现可持续发展。