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经过实地考察选择位于伊犁河谷北坡（科古琴山南坡）和伊犁河谷南坡（乌孙山北坡）具有代表性的植物群落进行样地调查和取样。调查范围从山顶到山前，最终在伊犁河谷北坡1000~2200m的海拔范围内设置了44个样地，在伊犁河谷南坡1400~3000m的海拔范围内设置了48个样地。调查到的群落类型完全涵盖了研究区所有沿海拔上升的群落类型。通过TWINSPAN分类，多样性指数、土壤养分、土壤盐分格局的GAM拟合，综合DCCA排序分析，结果表明： （1）伊犁河谷南北坡植物种、属数较多。其中蔷薇科、十字花科、豆科、禾本科及唇形科的种属数较多；单属、单种较多；科属结构简单，主要靠种子繁殖。在北坡分布有巨大保护价值的野果林。 （2）伊犁河谷北坡可以分为4个植被垂直带谱，从海拔由高到低分为针叶林带、山地草原带、落叶阔叶林带、荒漠草原带。伊犁河谷南坡可以分为4个植被垂直带谱，从海拔由高到低分为亚高山草甸带、针叶林带、山地草原带、荒漠草原带。 （3）伊犁河谷北坡山地拟合得出总的物种丰富度随着海拔的升高呈现先升高后降低，再升高的格局，Simpson指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀度指数随着海拔的升高呈现单峰分布格局。土壤有机质、有效氮、有效磷随着海拔的升高呈现出上升的格局。土壤有效钾其垂直变化规律与土壤有机质、有效氮、有效磷的变化趋势明显不同，表现为随着海拔的上升，在落叶阔叶林带（1400~1600m）之间呈现了一个波峰。土壤pH大体表现为随海拔高度的增加呈现逐渐降低的变化规律，而土壤电导率随着海拔的升高变化不大，土壤总盐和全盐表现同样的趋势，在落叶阔叶林带（1400~1600m）之间出现了一个波峰。伊犁河谷南坡山地拟合得出总的物种丰富度、Simpson指数、Shannon-Wiener多样性指数、Pielou均匀度指数随着海拔的升高呈现多峰的格局，但Pielou均匀度指数随海拔的升高前两个峰不是很明显，最后一个峰比较明显。土壤有机质、有效磷随着海拔的升高变化不是很明显。土壤有效氮随着海拔升高表现为明显的递增趋势。土壤有效钾其垂直变化规律呈现逐渐下降的趋势，和土壤有效氮刚好相反。土壤pH值随海拔高度的增加变化不明显，土壤电导率、总盐、全盐随着海拔的升高呈现先升高后降低的格局。 （4）伊犁河谷北坡物种多样性指数与土壤营养因子呈现显著正相关关系，物种多样性指数与土壤盐分因子呈现显著负相关关系。伊犁河谷北坡特殊的垂直分布格局可能与气候和土壤因子有关，主要与当地的“逆温层”作用有关。而伊犁河谷南坡的物种多样性指数与土壤营养因子和土壤盐分因子呈现显著负相关关系。伊犁河谷南坡特殊的物种多样性指数格局可能与气候、土壤养分状况有关，这种分布格局是天山山地的普遍分布格局。 （5）在山地复杂的地形条件下，群落生境条件的差异非常显著。海拔、坡向、土壤含水率、有效氮和pH值的组合，影响并控制着伊犁河谷北坡各群落分布格局的形成。海拔、坡度、土壤含水率、有效磷、有效钾和pH值的组合，影响并控制着伊犁河谷南坡各群落分布格局的形成。本研究揭示了伊犁河谷南北坡植被的分布格局及其与环境关系，为生物多样性保护及植物资源开发和管理提供重要的基础资料。