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科技的发展与经济的全球化进程使得技术创新成为企业提高核心竞争力的源泉。由于企业难以具备创新所需要的全部智力资源，因此，借助于大学或科研机构的科研实力进行合作创新就成为企业实现战略目标的重要手段，产学研合作便孕育而生。从20世纪50年代初世界上第一个产学研结合基地——美国斯坦福科技园(即“硅谷”)诞生以来，作为在企业界、大学、科研机构三方之间构筑起的知识联盟的一种创新形式，产学研合作在世界各国蓬勃地开展起来，对促进各国的教育事业、科技、经济的发展和社会的进步功不可没。产学研合作就是要在优势互补、风险共担、利益共享的原则下，推进企业与大学或科研机构的合作，促进科技成果的转化以此提高企业的科技创新能力。自1992年由国家经贸委、国家教委和中国科学院联合组织实施产学研工程以来，我国产学研合作创新获得了较大的发展，但依然存在很多障碍影响着合作创新的顺利进行。此外，产学研合作从最初的建立到利益分配还存在许多亟待解决的问题，还没有一套完善、高效的运行机制，同时也缺乏健全的政策支持。
本文首先对国内外学者对产学研合作的研究进行了回顾，对产学研合作的项目、产学研合作的动机、模式、障碍因素以及促进合作创新的对策进行了归纳和总结。本文着眼于产学研合作创新中的障碍。契约安排是决定产学研合作创新中资源配置效率高低的重要因素，也是容易导致合作中纠纷的重要因素。本文利用新制度经济学的交易费用理论、委托——代理理论，并以资源基础理论文补充，对产学研合作中的知识产权障碍进行详细分析。接着，文章借助于不完全契约理论，并结合国内外学者对产学研合作创新中发生知识产权障碍方面的相关研究，依次提出了组织灵活度、合作交流程度、契约完备度、合作时间长度、合作经历以及中介参与度这六个因素与产学研合作创新中的障碍之间关系的假设，以此来探讨产学研合作中知识产权障碍的影响因素。
本文通过调查问卷进行实证分析，把收回的问卷利用SPSS统计软件进行整理分析，并对提出的六个假设依次进行验证。根据实证的情况，提出解决产学研合作创新中障碍的方法——进行显性契约和隐性契约的完善，并对如何完善隐性契约给出具体的操作步骤。最后，本文通过对国外产学研合作创新开展的比较成功的国家(美国、日本)政府在产学研合作中的知识产权问题方面的措施的比较研究，提出了完善我国知识产权政策方面的建议。本文的主要创新之处体现在如下两个方面：第一，利用不完全契约理论对企业与大学的合作中知识产权的障碍因素进行分析，并就其解决途径提供建议。第二，通过实证研究，对企业与大学的合作中引起知识产权障碍的因素进行实际检验。在此基础上，本文主要解决以下三个方面的问题：首先，依据不完全契约理论，并结合国内外的相关研究，就影响企业与大学合作的知识产权方面的障碍因素提出六个假设，通过实证调查，来验证这些假设。并根据实证的结果，就契约的完善及规制给出相应的建议。其次，通过实证结果深入探讨，企业与大学作为合作创新中的参与主体，应如何从根本上解决合作中的知识产权纠纷，以保障合作的顺利及持续进行。最后，借鉴国外先进经验，以美国和日本为例，探讨政府应为合作提供怎样的环境。
本文在写作过程中既有标准化的论述，也有实证分析，主要对产学研合作创新中的障碍进行了系统的研究，并结合实证数据，对引起知识产权障碍的相关因素进行了统计分析，定性和定量研究相结合，为确保合作的顺利进行提供可操作性建议，同时也为政府的相关政策提供了依据。