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自1994年世界第一例转基因番茄投放美国市场以来，经过短短的十几年，市场上大量涌现转基因食品(Genetically Modified Foods，GMF)。在食品转基因成分的标识管理和安全性评价中，不少国家和地区均规定：当食品中转基因成分的含量超过某一阈值时必须进行标识。现行的定量分析模式，只能针对每一种待测转基因物种选择该物种特定的内源参比基因(Endogenous Reference Gene)，通过测定该物种基因组中外源基因与内源基因靶模板拷贝数的比率(X0/R0)来定量转基因成分，并以其作为样品中转基因成分的含量。
本文在前人研究的基础上，根据TaqMan探针实时荧光PCR定量技术的原理，旨在建立一种不依赖内源参比基因的转基因成分实时荧光PCR定量分析模式。研究内容分为四个部分：食品转基因DNA成分实时荧光PCR定量分析数学模式的建立；单物种及多物种样品中转基因DNA成分实时荧光PCR．定量分析模式的验证；物种DNA成分定量分析的究；大豆基因组分子量的测定。
在第一部分中，基于TaqMan探针实时荧光PCR定量的基本原理，建立了单物种及多物种样品中各转基因物种DNA含量和转基因DNA总含量的测定模式。新建模式以转基因物种DNA与样品DNA质量的比值表示转基因成分的含量，通过测定DNA提取物溶液在260nm处吸光值的方法，消除样品与标准品之间DNA含量及DNA提取效率的差异对定量结果的影响，实现了单物种及多物种样品中各转基因物种DNA含量的分别测定和转基因DNA总含量的测定。理论分析结果表明，与现行模式相比，新建模式可解除对内源参比基因的依赖，从而拓宽方法的适用范围，并且降低分析结果的系统误差，提高测量的精密度。
在第二部分中，分别以单物种及多物种植物样品为研究对象，以单物种转基因植物DNA为标准样品、通用外源基因及外源结构基因的内部序列为靶模板，验证了单物种及多物种样品中各转基因物种DNA含量和转基因DNA总含量定量分析的模式。用转基因和非转基因大豆、玉米、大米DNA配制的单物种及多物种验证样品，验证新建模式的检出限、准确度和精密度。试验结果表明，新建模式的定量检出限在0.05％左右，各类样品转基因DNA含量的测定值与理论值的偏离度在0.39％～26.47％之间，Ct测定值的变异系数(CV)在0.03％～1.20％之间，转基因DNA含量测定值的变异系数(CV)在1.33％～25.14％之间，满足转基因成分定量分析检出限、准确度和精密度的要求。在第三部分中将新建模式应用于食品物种DNA成分的定量分析，通过配制已知各物种成分含量的三物种、四物种混合验证样品，分别以物种特异性内源基因为靶模板，对食品物种成分进行了定量分析。三物种及四物种验证样品物种成分定量分析结果表明，物种成分含量测定值与理论值的偏离度在0.32％～25.05％之间。Ct测定值的变异系数(CV)在0.02％～1.12％之间，物种DNA含量测定值的变异系数(CV)在0.41％～20.36％之间，满足定量分析准确度和精密度的要求。
在第四部分中，将新建模式应用于大豆基因组分子质量的测定，通过构建含目的片段的质粒标准品，利用实时荧光定量PCR技术，定量测定物种特异性内源单拷贝基因的分子数；通过测定DNA提取物溶液在260nm处吸光值的方法，定量测定PCR．管中DNA的质量，进而求出大豆基因组的大小。大豆基因组大小测定结果表明：3次测定结果的平均值为1.11pg，标准偏差为0.01，变异系数(CV)为0.90％，表明检测结果的重复性较好，同时表明稳定性较好。