【摘 要】
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随着计算机技术与测序技术的发展，越来越多的物种已经被测序，但是由于测序与注释的不同步性，使得对蛋白质的分类越来越重要，而现有的蛋白质分类数据库大部分是基于序列相似性基础
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随着计算机技术与测序技术的发展，越来越多的物种已经被测序，但是由于测序与注释的不同步性，使得对蛋白质的分类越来越重要，而现有的蛋白质分类数据库大部分是基于序列相似性基础上的，这种分类方法对于多结构域的蛋白质分类会存在一定的缺陷，因为研究发现，对于一些多结构域的蛋白质虽然其序列相似性不高，但它们却具有相同的结构域架构，即可能来源于同一祖先。这里我们在真核生物中提出了一种新的分类标准，即基于结构域架构网络分解的分类方法。在我们的算法中，首先基于结构域架构相似性尺度构建结构域架构相互作用网络图，其次把这个网络分解成一个个不连通的子图。我们把Pfam21中21，453个真核物种中的18，462个结构域划分成6，797个组，最后影射到对应的511，203条蛋白质上，并使用我们的严格注释方法对其中的3,051组使用GeneOntology(GO)的molecularfunction进行了注释，新注释的蛋白质为47，648条。对分类的结果我们又使用数据库KOGs(theEukaryoticOrthologousGroupsofProteins)和GO(theGeneOntology)进行了验证，发现我们的分组中，处于同一组的蛋白质无论在序列还是在功能上都有很大的相关性。我们的算法不仅仅在于完成了蛋白质的分类，更为重要的是它提出了一种新的分类标准，这种分类标准是对现有的蛋白质分类方法的一种很好的补充。由于蛋白质的结构域架构在进化中是相对保守的，可能准确地记录了基因组的进化历史，所以我们的这种分类方法对于研究蛋白质的进化有着重要的意义，对于基于序列比对所不能解决的多结构域蛋白质的同源问题更是意义重大。
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