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目的:新型农村合作医疗制度是我国政府为提高农村居民的健康和医疗保障水平而进行的积极探索，在国家提出加强城乡居民重特大疾病医疗保障背景下，通过系统分析扬州市新型农村合作医疗保险制度中重特大疾病医疗保障的政策和运行现状，发现现阶段新农合重特大疾病医疗保障中存在的问题，探讨影响新农合重特大疾病医疗保障的主要因素。借鉴发达国家的管理经验，探索完善重特大疾病医疗保障经办管理制度政策建议，并尝试提出合理的救助标准。 方法:对扬州市新型农村合作医疗保险制度中重特大疾病医疗保障进行政策研究和数据调查，结合关键知情人访谈和相关文献研究，分析其重特大疾病医疗保障经办管理实施现状和存在的问题。从制度模式、筹资机制、保障范围、运行实施、监督管理五方面进行政策研究;收集2013年扬州市广陵、邗江、高邮、宝应四地区医保经办信息系统内所有参加新农合并发生重特大疾病报销医疗费用的患者信息，运用描述性分析方法从对卫生资源利用情况、对农村居民抗风险能力和基金收支情况三方面进行描述、分析。 结果:2013年扬州市四地区新农合重特大疾病医疗保障共补偿患者4858人，占新农合总参保人数2.84‰。重特大疾病患者就医分布宝应县集中于当地二级和市外医院，广陵区和邗江区集中于当地三级医疗机构。四地区平均医疗费用59990.19元，其中高邮市和宝应县平均医疗费用较高，分别为72711.25元和60275.08元。四地区新农合重特大疾病医疗保障平均补偿费用27007.61元，实际补偿比率45.02％。其中新农合和20种重大疾病救助进行一次补偿平均补偿费用22173.34元，实际补偿比例36.96％，大病保险平均补偿费用4834.27元，实际补偿比为8.06％。四地区新农合重特大疾病医疗保障抗疾病经济风险能力K=0.09，其中广陵区和邗江区抗疾病经济风险能力相对较高，K值均为0.16，高邮市和宝应县抗疾病经济风险能力相对较低，K值分别为0.07和0.09。四县区市中除宝应县大病保险基金结余2059493.81元，高邮市、广陵区和邗江区大病保险基金均有不同程度超支。为确大病保险保收支平衡，对四县区市筹资水平和合规费用范围进行方案测定，四县市区大病保险补偿情况差异较大，若大病保险基金分开运行则不适宜采用统一的筹资标准或合规费用范围。当合规费用范围相当于100％的医疗费用且起付线为12000元时，测算2013年宝应县、高邮市、广陵区和邗江区大病保险的保障水平最高，分别补偿1642、1922、577和705人，实际补偿比分别为20.96％、24.70％、17.06％和16.59％，对应的筹资水平分别为不低于31.32、54.66、25.74和18.44元。 结论:新农合制度下重特大疾病医疗保障在一定程度上可以缓解农村居民重特大疾病经济负担，但保障效果有限，为解决农村居民因病返贫现象还需加强与医疗救助的衔接机制。随着人口老龄化加剧、医疗技术改进和疾病谱改变，农村重特大疾病患者医疗经济负担加重，保障基金运行风险增加，要保证制度平稳运行，需要确立合理稳定的筹资机制和保障范围，加强监督管理制度，以确保制度公平效率，同时增进与商保公司合作，严格参与大病保险经办管理的商业保险公司的准入标准，通过激励和约束机制改善和提高商保公司经办管理服务能力。