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康熙二十五年(1686)，泉州府海防同知署从泉州移驻厦门，是为厦防同知。厦防同知的设立，反映了王朝行政机构在地方社会的变动，同时又参与了东南沿海明清易代的历史转折。自此之后，厦防同知作为地方行政组织贯穿于有清一代。本文以历时性和共时性的两个维度考察厦防同知的职能演变，同时关注厦防同知与地方社会的互动关系。 通过研究可以发现，厦防同知职能表现为以下四个方面:第一，厦门岛处于闽台中轴，厦防同知的首要职能是处理对台事务，比如盘收台运兵谷、兵米与传递台湾文书夹板等，这是厦防同知不同于其他海防同知的最大特色。第二，作为司口专员的厦防同知施行港务管理的功能，专司稽查船只，挂验牌照与人员出入。第三，同光之后，中外交涉案件迭起，厦防厅转变为“华洋分府”，为其在清末转变为审判厅、民政厅奠定了基础。第四，厦防同知还在海口治安、“听断地方词讼”，以及文化教育、社会救济等方面承担了地方行政长官的角色。 由于厦防同知不是独立的地方行政机构，因此其职能转变还与其他衙门形成了各司其职、相互制约的复杂关系，比如与水师中军参将共同稽查汛口，与道台共理民事与涉外事务，与同安县令分理轻微案件与重案，厦防厅监狱又由巡检司监管等等，展现了地方行政组织与地域社会之间复杂的互动关系。厦防同知职能的演变是一种基于原有职能之上的拓展和调整，是一种内在性的转变。充分体现了传统社会地方行政运作中的弹性和灵活性。