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当生防真菌施入土壤时，由于土壤抑菌作用的影响，其繁殖体在土壤中往往不能正常萌发和定殖，从而使其防效不稳定甚至大大降低。许多因素(如土壤类型、理化性质、土壤中微生物的组成和活动、外部的气候和大气等)都会对土壤抑菌作用的产生和强度有很大的影响。本研究以线虫生防菌株Paecilomyceslilacmus IPC、Pochonia chlamydospora ZK7和Trichodrema viride T6-12为供试真菌，调查分析了171份耕作土壤对生防真菌的抑菌作用；结合分子生态学和化学分析的方法，首次研究了土壤抑菌作用与土壤细菌类群和细菌挥发性抑菌物质的关系。主要得到如下研究结果：
1.从云南各地采集了129不同土壤类型的烟田土壤样品和42份不同植被类型的土壤样品，测定了它们对生防真菌的抑制作用。结果显示土壤抑菌作用对真菌生防菌的抑制具有普遍性，129份烟田土壤对IPC和ZK7的平均抑制率分别为95.4％和68.1％，分别有94.4％和68.1％的土样抑制率大于75％。不同类型土壤间抑菌力差异非常显著，红壤的抑制率最强，褐色土壤的最弱。土壤抑菌作用强于土壤挥发物的抑菌作用，二者间存在显著的线性相关性。
2.使用传统的可培养方法与分子生物学相结合的方法，对7种不同植被耕作土壤中的可培养细菌类群进行了研究。从供试土样中随机分离的2184株细菌中，942株(43.1％)对生防菌有抑菌作用；其中433株(19.8％)以其挥发物抑菌，509株(23.3％)以其挥发物和非挥发物结合的方式抑菌。对911株有抑菌活性的菌株的16S rRNA基因序列进行RFLP分析后得到39种RFLP带型，通过Blast比对和系统发育分析，这些菌株分属于以下13大细菌类群：(1)微球菌亚目(Micrococcineae)，(2)芽孢杆菌目(Bacillales)，(3)假单胞菌目(Pseudomonadales)(4)异常球菌属(Deinococcus)，(5)气单胞菌属(Aeromonas)，(6)黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)，(7)产碱菌属(Alcaligenes)，(8)Roseomonas，(9)鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)，(10)根瘤菌科(Rhizobiaceae)，(11)副球菌属(Paracoccus])，(12)柄杆菌科(Caulobacteraceae)，(13)黄杆菌科(Flobacteriaceae)。
3.从两份强抑菌土样(弥勒和研山)和一份弱抑菌土样(宾川)中分别随机选取了347株、351株和320株菌，筛选得到328株通过其挥发物抑菌的的菌株。通过对这些菌株的16S rRNA基因序列的RFLP分析，得到了20种RFLP带型，从每种带型中随机挑选至少一株进行测序，经过Blast和系统发育分析，这些菌株分属于以下5大细菌类群：(1)产碱菌科(Alcaligenaceae)，(2)芽孢杆菌目(Bacillales)，(3)微球菌科(Micrococcaceae)，(4)根瘤菌科(Rhizobiaceae)，(5)黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)。对每个带型中测序的菌株，使用SPME-GC/MS方法确定出7种参与土壤抑菌作用的细菌挥发性物质：acetamide，benzaldehyde，benzothiazole，1-butanamine，methanamine，phenylacetaldehyde和1-decene。