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自上世纪80年代以来，在经济全球化和区域一体化浪潮的推动下，两岸经贸交流与合作迅速发展。作为两岸经贸关系的重要内容，海峡两岸产业分工合作走过了一个波浪式推进和阶段性提升的发展演进过程。因台商对大陆的投资而形成的两岸产业分工合作关系，已成为国际产业转移潮流中一个令人注目的现象，创造了国际产业分工的一个成功范例。随着祖国大陆经济实力的快速增长和参与经济全球化的不断深入，以及两岸产业升级的持续快速进行，台商对大陆投资的不断拓展，两岸产业分工形态持续发生变化，分工模式趋向多元化，产业分工合作关系更趋密切，产业依存度和融合度不断提高。2008年以来两岸关系出现了重大积极变化，两岸产业分工合作也面临着十分重要的发展机遇。全面、正确认识两岸产业分工合作的动因、模式和经济效应，对于把握当前两岸经贸发展的有利契机，推进两岸产业分工迈上更高台阶，具有重要的现实意义。本研究采用了规范与实证相结合、历史与逻辑相统一，并且大量穿插比较研究的多种分析方法，结合新兴古典经济学的外商直接投资和产业分工理论，在综合借鉴过去20年来海峡两岸专家学者关于两岸产业分工合作的众多理论研究成果的基础上，对两岸产业分工合作的发展历程、动因机制、模式演进、经济效应等进行了较为系统、全面的研究。本文的主要观点和结论包括：第一，迄今为止台商投资大陆的发展历程依其规模、投资领域、地域分布、产业层次等，可分为试探起步、迅速扩张、调整深化和突破转型四个阶段，各阶段的分工型态不同并且呈阶段性深化提升趋势。第二，两岸产业分工合作是由两岸的比较利益差异、产业结构的互补性、大陆的投资环境优势、台湾经济转型的内在需要、经济全球化和区域一体化潮流的外部推力等多重因素共同促成的结果，现有的外商直接投资理论和国际产业分工理论都只能部分地对两岸产业分工合作的动因给予解释。第三，20多年来，两岸产业分工模式经历了一个“以垂直分工为主——兼具垂直与水平特征的混合型分工——以产业内功能性分工和产业间水平分工为主要特征的多元化分工”动态演进和渐进式提升的过程。现阶段两岸产业呈现垂直分工、水平分工、混合型分工等多种分工方式纵横交错、互为补充的多元化、多层次的分工格局，其中水平分工是主导形态，是分工发展的基本趋势。第四，通过回归分析，本文揭示了两岸产业分工对在对两岸贸易的促进效应，包括贸易扩大效应、台湾对大陆贸易依存度的提高效应和贸易商品结构优化效应，同时对两岸产业结构的升级也产生了较为显著的正推动效应。第五，本文选择以厦门与台湾在光电技术产业和金融业方面的合作作为例证，对两岸产业合作的模式和思路进行具体探讨，并前瞻性地提出了在厦门建设海峡两岸光电产业合作基地和海峡两岸金融合作试验区的基本思路。第六，两岸产业分工合作既存在亟待破解的问题和挑战，也面临着“大三通”时代来临的重大历史机遇，本文据此提出了新阶段深化两岸产业分工合作的基本思路。