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鲤科鱼类在我国天然捕捞业和淡水养殖业中均占有非常重要比重。在养殖业中，人们把养殖重点集中在经济性状、生产性能选育上，如生长速度、性成熟年龄、繁殖力和抗逆性等。对重要经济性状进行遗传分析、确定相关分子标记，用性状态相关标记开展选育研究、最终培育出具有生长快、抗病性强、适应集约化养殖要求的优良品种，是包括鱼类在内的水产养殖生物遗传育种研究的主要任务。
对鲤鱼生殖、营养、免疫和养殖池管理等方面的研究有助于对鲤鱼养殖业的发展，对鲤鱼表型等方面的研究有助于物种进化的研究。本课题组于2002年在哈尔滨，天津等地开始实施对鲤鱼选择育种计划。要提高选择育种的效率，特别是复杂性状，构建遗传连锁图谱是非常必要的，建立一个高密度的遗传连锁图谱和OTL数量性状定位的研究是任何物种深入开展遗传学研究的基础。
本文利用RAPD，AFLP和微卫星标记，以鲤鱼雌核发育的F2家系为作图群体，构建了鲤鱼遗传连锁图谱并对生长相关性状如体长，体重等九个性状进行了QTL分析。具体的研究结果如下：
1.分子标记筛选
用经过筛选的9条RAPD引物扩增亲本及44个作图个体，共得到60个清晰的标记，片段大小从300bp到2kb，平均每条引物产生6.6个标记，其中在父本和母本中表现多态并在子代中分离并呈现同源四倍体分离方式的标记为16个。卡方检验显示，15个(93.75％)标记在子代中符合孟德尔3：1的分离定律。
用经过筛选的20对引物组合，对亲本和作图群体进行了AFLP分析。20个引物组合共扩增出1103条片段，平均每个引物组合扩增出52个片段。其中在子代中分离的标记有375个。卡方检验表明155个标记符合3：1的孟德尔分离比例，偏分离的标记为220个，严重偏分离的标记为150个。偏分离的AFLP标记的片段分布比较均匀，略微偏向于小片段。
用经过筛选的287对微卫星引物对亲本及所有子代个体进行了分析，共得到287个微卫星位点，170个位点在子代中的分离偏离1：2：1孟德尔分离比例，其中70个标记为严重偏离标记。
利用RAPD，AFLP和微卫星三种标记共产生1863个位点，其中具有多态性的位点为678个位点，偏分离的标记为391个，严重偏分离的标记为221个。将严重偏分离的标记剔除，共457个标记用于图谱构建。
2.鲤鱼遗传图谱构建
对基本符合孟德尔遗传的分离标记进行了连锁分析，绘制了鲤鱼遗传连锁图谱。鲤鱼连锁图谱的框架图有457个遗传标记组成，分布于50个连锁群，其中RAPD标记15个，AFLP标记275个，微卫星位点166个，连锁群长度从9.39 cM到208.75 cM，每个连锁群含2-32个标记。图谱长度为3732.52 cM，各连锁群平均图距在4.65到29.19 cM之间，总平均图距为11.19 cM。鲤鱼遗传图谱的预期长度为4803.39 cM，图谱的覆盖率为77.71％。
3.与鲤鱼生长相关性状的QTL定位研究
利用该图谱进行了生长相关性状的QTL定位，在鲤鱼连锁图谱上，共定位了35个关于体长、体重、体高等9个生长相关性状的OTL，单个QTL可解释的表型变异为1.10％～34.29％。9个性状(除眼径外)的表型相关均达到极显著水平，Pearson相关系数均超过0.67。在鲤鱼连锁图谱上，共检测到3个与体厚相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第15，22和31连锁群上；检测到一个与体重相关的QTL，定位于鲤鱼连锁图谱的第24，20和36连锁群上，单个QTL可解释的表型变异从1.67％到20.05％，G3f254的基因效应最大20.05％，为主效QTL，其LOD值为7.25，临近的标记为G8f339，与QTL之间的重组率为4％；检测到四个与体高性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第4，3，22和20连锁群上，位于连锁图谱第23连锁群上的QTL为主效QTL，拥有最大的LOD(5.28)，可解释的表型变异为20.49％；检测到五个与眼间距性状相关的OTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第4，40，22，20和28连锁群上。检测到四个与眼径性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第1，7，40和39连锁群上。检测到三个与尾柄高性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第6，24和28连锁群上，位于连锁图谱第28连锁群上的QTL为主效QTL，拥有最大的LOD(5.43)，可解释的表型变异为22.46％，临近的标记为F3f124，与QTL之间的重组率为0.1％；仅检测到二个与尾长性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第28和13连锁群上，位于连锁图谱第28连锁群上的QTL为主效QTL，拥有最大的LOD(4.42)，可解释的表型变异为24.68％，临近的标记为F3f105，与QTL之间的重组率为15.3％；共检测到九个与头长性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第2，3，4，6，31和40连锁群上，单个QTL可解释的表型变异从1.3％到34.29％，位于连锁图谱第40连锁群上的QTL为主效QTL，拥有最大的LDD(7.94)，可解释的表型变异为34.29％；仅检测到二个与体长性状相关的QTL，分别定位到鲤鱼连锁图谱的第2和20连锁群上，位于连锁图谱第20连锁群上的QTL拥有最大的LOD(4.76)，可解释的表型变异为12.69％。与生长相关的QTL在连锁图上存在成簇分布的特点，35个QTL主要集中在16个连锁群上，成簇QTL现象暗示这些生长相关的性状可能有着共同的遗传基础。分子标记筛选、遗传图谱的构建及生长相关性状的QTL定位为下一步从事分子标记辅助选择育种，QTL精细定位和比较基因作图打下基础，并最终推动鲤鱼的遗传改良。