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我国已加入WTO(世界贸易组织)及有关国际知识产权组织和公约，有义务执行WTO关于知识产权保护的有关规定，农业领域也同样如此。然而，农业知识产权对我国广大科研和管理工作者而言还属于新兴事务，其相关理论和研究尚处于探索阶段，目前国内还没有建立起一套较为系统的农业知识产权管理的理论和分析方法。本文试图运用管理学、政策学等相关学科对我国农业知识产权保护的管理机制、对策及策略等进行深入浅出的分析，以期为政府、涉农企业和科研单位加强农业知识产权管理提供一些可资借鉴的思路和方法。全文由八章主体内容构成。第一部分加入WTO后我国农业知识产权保护的背景分析。该部分是论文的起点，主要阐述了加入WTO后我国农业技术发展面临的机遇和挑战以及我国农业实施知识产权保护的必然性和紧迫性。第二部分农业知识产权保护的理论基础。本部分是全文的基础，它主要从WTO与TRIPS协议出发，充分论述了农业知识产权的内涵，提出了农业知识产权保护的重点领域并设计了农业知识产权保护的综合评价指标体系。第三部分农业知识产权保护的管理机制。该部分起是全文的重点内容。首先从法律体系和行政体系两个方面阐述了农业知识产权保护的管理体系，然后从政府角度和企、事业单位(主要是农业科研院所和大专院校)角度分析了农业知识产权保护的运行机制。第四部分加入WTO后我国农业技术重点领域的知识产权保护。本部分认为加入WTO后我国农业知识产权保护的重点在于农业植物新品种保护、农业生物技术专利保护和原产地域产品保护。并系统分析了国内外这三大领域知识产权保护的管理体系、运行机制和一些实际做法。第五部分我国农业知识产权保护的现状。本部分主要介绍了我国农业植物新品种保护、原产地域农产品保护和农业高新技术成果知识产权保护的状况并分析了目前这三个领域中知识产权保护存在的主要问题。第六部分农业科研单位和科技企业实施知识产权保护的案例分析。该部分为论文的实证分析部分。主要以吉林农科院、登海种业股份有限公司、杨凌农业高新技术开发区、山东莱芜市的“三麻一辣”产业和中国农科院为例分析了具有代表性地区的农业植物新品种保护、企业保护品种权、农业高新技术知识产权保护、原产地域产品保护的基本情况及其主要经验。第七部分农业知识产权保护的策略研究。该部分站在农业科技企业角度和政府角度详细分析了二者在农业知识产权保护方面应实行的策略。第八部分加快我国农业知识产权保护实施的对策与措施。该部分从加快我国农业知识产权保护实施的角度，整体、系统、全面的分析了在农业知识产权保护方面应采取的相应对策及措施。