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资源配置效率的视角对我国现阶段相关政策的制定具有非常重要的意义。现有促进经济结构调整和转型的手段和政策是否有效率，一直是政学两届关注的焦点。本文运用1998-2007年的中国工业企业数据，从地方政府保护政策和行业补贴政策的角度，深入研究产业政策与资源配置效率的关系。根据MP方法，我们首先将TFP分解为四个组成部分：企业内生产率的变化、企业间市场份额重新分配带来生产率的变化（资源配置）、新进入企业的生产率变化和退出企业的生产率的变化。同时，根据政府行为动机的差异，我们构建两种地方保护指标，以“关系网络”分配资源的地方保护和以地方经济发展为目标的地方保护，前一种地方保护倾向于将资源分配给有关系的地方企业，而后一种保护倾向于将资源分配给生产率高的企业。在行业层面，我们选择行业的补贴数额作为行业保护的代理变量，分析现有调结构促增长的产业政策是否有效率。描述统计发现：我国资源配置效率逐年下降，资源配置效率对TFP增长的贡献越来越低，贡献率从1999年的71.9%下降为2007年的-3.1%，并在省份和行业层面都表现了同样的下降趋势；企业的纯技术的提升是总体TFP上升的关键因素，企业内生产率的贡献从1999年的17.2%上升为2007年的108.6%。实证分析表明，以“关系网络”分配资源的地方保护政策会扭曲资源配置，阻碍当地企业的成长，以当地经济发展为目标的地方保护政策则会提升资源配置效率；行业补贴政策没有促进资源从生产率低的企业转向生产率高的企业，扭曲了资源配置效率；国有企业内部的资源配置效率高于民营企业，符合国有企业“抓大放小”的改革政策，国有工业产值份额越大的城市，资源配置效率越好，但企业成长较慢，TFP的增长较慢；中西部地区的资源配置效率显著低于东部地区，在中西部地区的保护政策对资源配置的扭曲程度更小，符合保护幼稚工业理论。本文首次提出资源配置效率的下降现象，并首次从地方保护政策和行业保护政策的角度解释其下降的原因，不仅能丰富资源配置效率研究的文献，而且能更深的分析我国产业政策的效果，为以后的政策制定提供参考，具有很强的理论意义和实践意义。