【摘 要】
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蛋白质设计不仅是研究蛋白质折叠机制和蛋白质结构-功能关系的有效工具,而且具有很重要的实际应用价值.基于平均场理论,我们发展了一种新的蛋白质理性设计算法:异型自治系统
【出 处】
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中国科学院上海生命科学研究院生物化学与细胞生物学研究所 中国科学院上海生命科学研究院
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蛋白质设计不仅是研究蛋白质折叠机制和蛋白质结构-功能关系的有效工具,而且具有很重要的实际应用价值.基于平均场理论,我们发展了一种新的蛋白质理性设计算法:异型自治系统最优化方法.蛋白质复合物的界面改造与两方面的应用,即设计补偿突变体和设计蛋白质配体.结合hetero-SCEO与"线性晃动"局部优化算法.我们发展了"对接+设计"策略,可以自动化地进行配体可动的界面改造.其中"线性晃动"算法用于改变配体的位置(模拟以接过程),而hetero-SCEO则用于配体设计,同时以设计结果作为对接的目标函数推动对接过程的进行.在蛋白质结构精度不够(如同模建的结构)的情况下,需要一些辅助信息来进行蛋白质设计.我们提出利用进化踪迹分析提取序列信息,以辅助配体改造的方案,并对furin/kex2抑制剂的改造进行了研究.
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