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乙型肝炎是一种严重威胁人类健康的疾病。目前全球HBV携带者有3.5亿,每年死于乙肝相关疾病的患者约有60万左右。按照序列差异≥8％的原则,HBV分为A-H8个基因型。不同基因型的HBV不仅在序列上有明显差异,还具有很多其他方面的区别,很多研究都表明HBV基因型与疾病进程,抗病毒治疗以及耐药突变等都有关系。FRET探针法是一种操作简便,灵敏度高,通量大的基因分型方法,该方法可以通过实时定量PCR对目的基因进行精确定量,同时通过熔解曲线进行SNP分析。相对于其他分型方法而言,该方法还可以分型不同基因型混合感染的样本,是一种有希望用于HBV分型的技术。Liu et al.将FRET探针技术应用于HBV分型,通过2步FRET探针荧光定量PCR对HBV+样本进行定量和分型。
本研究使用38位来自柳州地区HBsAg+献血者的血浆对Liu et al.设计的方法和S区测序分型法进行分型对比,验证该方法在HBV分子流行病学调查中应用的可靠性和可行性。经过对S区585bp扩增产物测序,分别使用3种算法(NJ,ML和BI)建立进化树,得到一致的分型结果:38份DNA样本中有29份B型,7份C型,1份D型和1份G型。使用FRET探针法,38份样本中有32份样本得到了与测序分型相同的结果,分型成功率为84.2％,其中,Set1和Set2-1正确分型比例都较高,Set2-2较低。
结论:该方法基本适合于分子流行病调查,经过优化设计可以达到更高的分型成功率。