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我国是世界上水牛品种资源最丰富的国家之一,我国地方水牛类群不但是宝贵的自然资源,也是价值极高的经济资源。由于对我国地方水牛类群的遗传多样性及遗传特性缺乏全面和系统的认识,其利用方式往往只限于作为母本,用外来品种作为父本进行杂交改良,导致我国某些地方水牛类群的遗传多样性逐渐下降、甚至出现某些类群的遗传资源已近灭绝。因此对我国水牛遗传多样性的研究有助于品种资源的保护和利用。本研究通过对我国6个水牛类群54个个体的mtDNA D-loop区全序列进行测序分析来研究中国水牛的母系起源、类群之间的系统进化关系以及遗传多样性,并结合GenBank上公布的巴西和意大利的江河型与沼泽型水牛的mtDNA D-loop区全序列进行分析,得到如下结果:1.检测到中国6个水牛类群54个个体有23种单倍型;在这23种单倍型D-loop区全序列中,碱基T平均占27.58%,A占30.75%,G占15.30%,C占26.37%。A+T平均含量为58.33%,G+C平均含量为41.67%,A+T含量明显高于G+C含量,表现出碱基的偏倚性,符合哺乳动物线粒体DNA碱基组成的基本比例。2.检测到23种单倍型有56个核苷酸多态位点,约占所测核苷酸总长的6.12%,其中有51个转换,3个颠换,2个转换与颠换共存。3.中国6个水牛类群54个个体mtDNA D-loop区全序列长度为911 bp～920 bp,其单倍型多样度(H)为0.533～0.956;核苷酸多样度(π值)为0.0011～0.0204,表明中国水牛具有较丰富的遗传多样性。4.mtDNA D-loop序列的NJ系统发育树和网络分析表明,中国水牛的单倍型明显聚为两个支系,并分别命名为支系A和支系B,出现的频率分别为65%和35%。因此,本研究认为中国水牛可能有2个母系起源。5.中国、巴西、意大利江河型与沼泽型水牛mtDNA D-loop序列的NJ系统发育树和网络分析均显示出两种主要的分枝。第一枝为江河型,第二枝为沼泽型,该枝又分为支系A和B。