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本文对恒河猴不同组织发育相关lncRNA--mRNA共特征网络构建进行了探讨。随着二代测序技术的发展特别是RNA-seq技术的发展，最初被认为是“噪音”的长的非编码RNA(lncRNA)被许多研究所证实在生物体的发育和疾病中都发挥非常重要的作用。在本研究中我们检测了恒河猴4个组织在发育不同时间点的mRNA和lncRNA的表达水平，结合基因组特征及调控信息研究了影响lncRNA-mRNA共表达的因素并通过构建共特征网络揭示了lncRNA相关功能。本研究发现基因组位置邻近的、序列相似的及倾向受相同miRNA调控的lncRNA-mRNA对更加倾向共表达，同时发现基因组位置对lncRNA-lncRNA对共表达的影响要比lncRNA-mRNA对和mRNA-mRNA对更大，而mRNA-mRNA对的共表达程度对序列相似性的敏感度更高。随后，对每一个组织，通过整合lncRNA和mRNA的表达数据、基因组特征及调控信息构建了lncRNA-mRNA共特征网路，这些网络具有无尺度和小世界的性质，符合生物学网络的特征。在共特征网络中，识别了与发育相关的基础功能的hub节点及强关联互作的lncRNA-mRNA子网，另外根据网络的拓扑属性识别了功能特异性模块，通过功能注释发现模块中的RNA作为一个整体影响发育的进行或组织特异性功能的形成。最后我们发现共特征网络具有明显的组织特异性，相同的RNA在不同的组织中与不同的RNA进行互作发挥不同的生物学功能，组织特异性共特征互作能够影响组织的特异性发育。本研究整合表达数据、基因组特征、调控信息及生物学网络分析策略，对lncRNA-mRNA互作进行了深入的研究，有助于揭示lncRNA的功能及其发挥功能的机制。