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水稻骨干恢复系是指在杂交稻育种中广泛应用的一类恢复系。探明骨干恢复系的遗传基础,发掘其重要农艺性状QTL/基因,对分子标记辅助选择进行水稻恢复系育种具有重要的应用价值。本研究以骨干恢复系成恢727和9311构建的含有250个株系的重组自交系群体为试验材料,通过在三亚和合肥两个环境下对9个农艺性状的表型鉴定和QTL定位分析,发掘骨干恢复系成恢727和9311的优异基因/QTL,剖析恢复系产量及相关性状的遗传基础,以期为骨干恢复系的改良和分子育种提供理论参考。主要的研究结果如下:1.重组自交系各性状表型基本呈正态分布。各性状在三亚和合肥环境下有一定的差异,表明环境因素对水稻生长产生了影响。2.相关分析结果表明:各性状间的相关关系在两个环境下有一定的差异,一些性状间的相关关系在三亚和合肥差异比较大,有的相关正负方向不一。同一性状两年间的相关关系中,抽穗期、每穗实粒数和单株产量在两个环境下的相关关系不显著,表明三亚和合肥两地环境差异对水稻生长产生了一定的影响。3.方差分析结果表明:所有性状的各个变异来源(基因型、环境、基因型与环境互作、)的方差均达到极显著水平(P<0.001),表明除了遗传因素对各性状表型有影响外,环境因素、基因型与环境互作效应也对各性状的表型产生了极显著的影响。比较9个性状广义遗传力可发现,9个性状的广义遗传力变化范围为45.20%-72.32%,其中穗长的广义遗传力最高,为72.32%,单株产量的广义遗传力最低,为45.20%。结果表明,遗传因素和环境因素对表型都产生了一定的影响。4.QTL定位结果表明:在三亚和合肥两个环境下共检测到39个QTL,三亚检测到16个,分布于第1、2、4、7、8、10、11和12染色体上;合肥检测24个,分布于第1、2、3、7、8、9、10和12染色体上。其中只有q PH1-1在三亚和合肥两个环境下都能检测到。24个QTL的增效等位基因来自恢复系成恢727,15个QTL的增效等位基因来自9311。检测到一个控制抽穗期的主效QTL q HD8-1,证明该位点可能是Ghd8基因。在RM279—RM521、RM336—RM3534、RM25—RM547、RM553—RM160、RM222—RM271区段内检测到5个多效性QTL位点。位于RM553—RM160之间2 c M内的控制每穗实粒数、单株产量和结实率的位点q FGP9-1、q GY9-1和q SF9-1是一个新的多效性位点。将两个新的位点q PL2-1和q SF3-1分别定位在RM213—RM482之间的1.1 c M内和RM520—RM293之间的1.8 c M内,并分别预测了106个和109个候选基因,这些定位在2 c M内的新的QTL位点有利于下一步进行精细定位,深度挖掘骨干恢复系的优异等位基因,新的多效性位点则为分子标记辅助育种提供了有价值的材料。