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淡水真菌（Freshwater fungi）是指整个生活史或生活史的部分阶段依赖淡水环境的真菌。淡水真菌能分解淡水中有机质,真菌生长产生的菌丝则可以成为水生生物的食物而进入生态系统的食物链。淡水真菌因其代谢途径复杂、代谢产物种类繁多以及在维持水生生态系统平衡中的作用而日益受到研究者的关注。淡水真菌作为一个几乎尚未开发的自然资源宝库,蕴藏着巨大的潜力,在医药、农药以及环境领域都具有重大的研究意义和广泛的应用前景。分类学研究是对真菌进行科学研究和利用的基础。真菌种类繁多,据估计总数高达500万种,已报道真菌大约10万种,其中淡水真菌只有1200余种。可以预见,淡水中还有大量的真菌有待科学发现,特别是研究相对匮乏的热带地区。淡水真菌长期以来主要依据形态特征进行分类,分子系统学研究涉及的种类较少。因此本研究的目的旨在探索发现淡水真菌新种,报道新记录种,重点通过分子系统学研究,建立无性型真菌更趋于自然的分类地位,综合座囊菌纲淡水真菌分类资料,建立分类检索表和系统发育树,为淡水真菌的鉴定、分类及应用研究提供理论依据和数据支持。本研究从泰国北部清莱、清迈等9个样地调查采集淡水真菌标本538份,鉴定真菌65个属,89个种,保存真菌干标本258份,分离获得真菌培养物101株,得到真菌基因序列90条,上传GenBank17条。通过形态学观察并结合分子生物学手段,发现并分离纯化了Helicascus属的2个淡水新种Helicascus aegyptiacus和Helicascus aquaticus及2个新组合种Helicascus elaterascus和Helicascus thalassioideus,这是对Helicascus属在淡水生境中发现的首次报道。在此基础之上,利用松针诱导方法,在Helicascus aquaticus的有性型培养物中诱导获得了其无性形态,并将其称为"Pleurophomopsis"-like asexual state,从而第一次报道了Helicascus属的无性型。此外,通过建立基于LSU和SSU基因序列的Pleosporales目的系统发育树,确定了3个无性型腔孢菌Acrocalymma aquatic、Aquasubmersa mircensis和Clohesyomyces aquaticus在有性型分类系统中的分类地位。其中,Acrocalymma aquatic和Aquasubmersa mircensis为首次报道的新种,其分类地位隶属于座囊菌纲Pleosporales目；Clohesyomycesaquaticus首次被整合到有性型分类系统中,隶属于座囊纲Pleosporales目Lindgomycetaceae科。真菌有性型和无性型相互关系的建立和研究,为无性型真菌更趋于自然的分类地位的确定提供了重要依据。真菌分类检索表和系统发育树的建立,可以为真菌的鉴定和分类提供重要依据。本研究通过系统的形态学和分子生物学研究,归纳和整理了座囊纲淡水真菌26个属,81个种,建立了座囊菌纲淡水真菌分类系统。其中,1个种隶属于座囊菌亚纲Dothideales目Dothideaceae科Lucidascocarpa属,4个种隶属于座囊菌亚纲Capnodiales目Mycosphaerellaceae科Mycosphaerella属,71个种隶属于格孢腔菌亚纲Pleosporales目下的14个科的24个属,另外5个种分类地位尚不明确。系统地讨论了各个属的属征,与相近属的差别,建立了属间及属内完善的分类检索表及系统发育树,发现Lophiostoma属的一个新种,命名为Lophiostoma papilliovagina。此外,对淡水丝孢菌Acrogenospora、 Brachysporiella、Canalisporium、Dictylaria、Dictyosporium、Digitodesmium、Ellisembia、 Helicomyces、Helicosporium、Monotosporella、Phaeoisaria、Sporosthisma12个属的属征进行了系统讨论和比较,构建了属内分类检索表,发现Dactylaria属的一个新种,命名为Dactylaria thailandensis。本研究描述并鉴定1个腔孢菌新属Aquasubmersa,合格描述6个新种和2个新组合种,分别为3个子囊菌新种Helicascus aegyptiacus、Helicascus aquaticus和Lophiostoma papilliovagina;2个腔孢菌新种Acrocalymma aquatic和Aquasubmersa mircensis;1个丝孢菌新种Dactylaria thailandensis及2个子囊菌新组合种Helicascus elaterascus和Helicascus thalassioideus。所有新种主模式均保存于泰国皇太后大学真菌标本室（MFLU）.共采集并描述了7个泰国淡水真菌的新记录种,分别为Astrosphaeriella africana,Digitodesmium heptasporum,Ellisembia vaginata, Helicosporium panacheum,Fissuroma aggregata, Jahnula sangamonensis,Sporoschisma saccardoi。