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在食用菌发酵料的堆制过程中存在许多微生物类群，其中主要的微生物有细菌、放线菌和真菌，前两者在发酵料的成熟过程中起极其重要的作用。同时堆料是个非常特别的生态环境，能达到较高的温度，有时甚至能超过80℃(如在某些棉籽壳培养料中)，因此多种嗜热微生物可在堆料中发现。 本研究在几种食用菌培养料堆制发酵过程的不同阶段取样，并测定堆温变化，经初步分离筛选，主要得到三类微生物(细菌、放线菌、真菌)，通过60℃至80℃的高温处理，得到嗜热微生物(主要以细菌和放线菌为主)，比较嗜热微生物同常温菌的不同。 结果显示各种堆料中均存在升温，高温和降温三个阶段，微生物类群呈现出有序变化。其中细菌在堆料全过程中的常温和高温阶段都是优势菌群，绝大多数的嗜热菌都有一个相当宽泛的生长温度范围，而细菌能耐受更高的温度(80℃)。放线菌在高温条件下生长得明显快于常温。放线菌和细菌二者在高温下均能利用CMC、淀粉质、蛋白质原料，分解有机质的能力明显。但是，在30℃的常温下放线菌对有害微生物的抑制作用比在50℃的高温下能力要强得多，这一现象可能暗示了放线菌在高温条件下并未产生抑菌物质。现在我们得到了几株放线菌对一些病原性革兰氏阳性，革兰氏阴性细菌以及病原真菌(如：白叶枯、金黄色葡萄球菌、番茄灰霉等)抑制作用明显。 研究发现堆料中的营养成分和通气状况在一定程度上影响堆料中微生物的类群和数量，成分愈复杂则微生物类群愈丰富。通气状况在一定程度上同原料的材质有关，也就是堆料愈疏松，通气状态愈好，微生物活动也就愈旺盛。 通过正交试验，最适的液体营养条件得到了确定，以该配方培养的放线菌在液体发酵液中能表现出比以前强得多的生物活性。 因此对筛选到的有益菌株有必要进行进一步的研究，将其应用于食用菌生产中有害微生物的防治与控制中。同时需要指出的是，这些有益微生物同样也能用于其他的许多领域中。