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本研究采用改进的酸性聚丙烯酰胺凝胶电泳(Au-PAGE)和十二烷基硫酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)技术，对我国目前在北方玉米育种和生产中广泛应用的40个骨干自交系，10份主栽杂交种的盐溶蛋白电泳图谱进行了统计分析，结果表明：
1.玉米种子盐溶蛋白和清蛋白在酸性聚丙烯酰胺凝胶(Au-PAGE)中多态性比较丰富；盐溶蛋白和清蛋白在Au-PAGE中的电泳图谱基本一致。
2.玉米籽粒盐溶蛋白遗传稳定，其表达受遗传因素控制，环境对其表达影响不大；其谱带遗传表现为双亲共显性，只要在亲本中具有的谱带在F1籽粒中就显现出来，未发现偏母性现象和新增谱带；亲本自交系的不同谱带在杂种F1发生互补，杂种谱带等于两亲本共同谱带与各自独有谱带之和；有的杂交种中存在父本基因修饰现象。
3.用改进的Au-PAGE技术分离的盐溶蛋白谱带多、分辨率高，各自交系和杂交种的电泳图谱均有鲜明的特征，彼此可以区别，可视作它们各自的生化指纹。40个自交系可分离出21条迁移率不同的谱带，迁移率(Rf)从0.21到0.94，其中迁移率分别为：0.59、0.73、0.82的3条盐溶蛋白谱带为公共带，其余18条为多态性谱带，40个自交系的平均多态性为72.5％，平均每个自交系可分离出11.125条带。而SDS-PAGE法也可分离出20条分子量在6.3-62.5KD之间的谱带，但是只有6条带表现出多态性，其余14条基本上相同；虽然平均每个自交系可分离出18.98条带，远比Au-PAGE的11.125高，但是平均多态性仅为21.2％。用40个玉米自交系盐溶蛋白电泳多态性数据计算成对品种相似系数，通过相似系数计算遗传距离，采用类平均法(UPGMA)聚类分析，40个自交系可分为6大类：
第Ⅰ类：Lancaster群。
第Ⅱ类：Reid群。
第Ⅲ类：P群。
第Ⅳ类：Dom群(包括四平头亚群和旅大红骨亚群)。
第Ⅴ类其它种质。
第Ⅵ类热带种质。
杂种优势群划分结果与已知系谱高度吻合，说明利用种子盐溶蛋白多态性在玉米自交系类群划分上是可行的。而且该方法技术简单、操作方便、成本低廉、重复性好、易于推广，今后可利用这一方法在更大范围内对我国的玉米自交系进行类群划分研究。