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南水北调是实现我国水资源南北调配，缓解北方缺水地区水资源供需矛盾的战略举措。但如何尽可能减少工程建设和运营过程中带来的环境问题，并确保调水水质安全，是工程建设和运营过程中必须关注和解决的关键问题。因此，本文以山东段调水工程为例，探索了跨流域调水工程环境管理体系的构建理论与方法。
通过对山东段调水工程的自然、社会、经济概况，尤其是汇水区水系、水体利用和水环境污染现状及其治理措施的分析，剖析了山东段工程沿线的环境管理现状及存在问题。在明确管理对象和范围、提出环境管理体系概念和原则的基础上，从环境管理、监督、监测(控)、环境污染事故预防与应急处理机制等方面，提出基于复合生态系统理论的跨流域调水工程环境管理体系的模式，把自然、社会、经济要素的长期、潜在的影响控制融入环境管理体系中。
研究结果表明，要确保工程顺利建设和运转，必须建立全方位、多层次综合环境管理体系；注重组织、法制、监管、经济和科技的保障作用。同时，建议工程建设和运营管理单位建立ISO14001环境管理体系。此外，由于调水工程的复杂性和变化性，环境管理体系的建立不是一成不变的，必须根据不断变化的实际情况和管理要求动态调整。