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利用DNA标记构建遗传连锁图谱可以选用不同类型的分离群体，它们各有优缺点，在实际应用中应根据具体情况选择合适的作图群体。水稻温敏核不育系HD9802S是湖北大学遗传学研究室从杂交组合(湖大51×红辐早)F2群体中分离出的一早熟突变单株经定向培育而成的育性稳定的不育系。本研究构建了HD9802S/两优287、两优287/HD9802SBC1群体和HD9802S/R287 F2群体两种群体，利用这两种不同的作图群体进行定位效率的比较，以确定对此不育系的不育基因进行定位更为精确有效的群体。
光温敏不育基因的分布较为广泛，在不同的光温敏核不育系中表现出较大的差异性，遗传上也有高度的复杂性。前期的研究表明，该温敏核不育系HD9802S的育性受一对主效隐性核基因控制，并且该不育基因位于水稻第二连锁群上的SSR分子标记RM5897和RMAN8之间。本研究在前期工作基础上，以HD9802S/两优287、两优287/HD9802S两个BC1群体和HD9802S/R287 F2群体为材料，分别对其花粉育性分析，进一步确定了HD9802S不育性的遗传模式；接着利用SSR标记技术在已确定区间内搜索与HD9802S核不育基因紧密连锁的分子标记，筛选得到水稻第二号染色体上6，745，931～6，745，996、6，756，958～6，756，991kb区间内的SSR标记RM12729和RM12732,然后对该基因进行精细定位。最后定位结果如下：利用HD9802S/两优287BC1群体将不育基因定位于RM12729和RM12732之间，其遗传距离分别是1.7cM和0.8cM；利用两优287/HD9802S BC1群体将不育基因定位于RM12729和RM12732之间，其遗传距离分别是0.7cM和0.2cM；利用HD9802S/R287F2群体将不育基因定位于RM12729和RM12732之间，其遗传距离分别是0.5cM和0.2cM。由此可以看出，HD9802S/两优287BC1群体对于HD9802S不育系的不育基因定位效率更为精确。