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我国国防科研项目的预算管理一直处于相对粗放的状态。随着我国预算绩效管理改革的进一步推进,国防科研领域的预算绩效管理已成了实现公共财政资金全方位、全过程绩效管理需要攻克的最后“堡垒”。国防科研项目预算绩效评估,既是国防科研项目预算绩效管理的重要组成部分,也是推动和促进国防科研项目预算绩效管理的重要手段和有效方式,在提高财政资金的使用绩效、深化财政和行政体制改革、明确支出责任、促进政府职能转变等方面具有十分重要的作用。预算绩效评估概念的界定是本研究的起点。本文在科学界定预算绩效评估内涵的基础上,引入了目标管理理论、系统理论和信息不对称理论,作为国防科研项目预算绩效评估的理论基础。继而对绩效评估的价值取向、评估主体、评估框架及其模式、西方国家的绩效评估等内容进行分析,梳理国防科研项目预算绩效评估的框架体系。本文认为国防科研项目预算绩效评估体系是由评估制度体系、评估组织体系、评估指标体系三个子系统组成的有机整体,笔者结合实际调查对每个子系统分别开展深入研究和分析。在评估制度体系的建设上,本文认为应从细化操作性制度入手,通过扩大评估结果社会效应和提高评估制度的法律位阶等途径循序渐进地加以完善。在评估工作的组织实施上,要充分发挥财政部专员办事处的评估优势,让其作为国防科研项目预算绩效评估主体。在评估指标体系构建上,借鉴目标管理法、逻辑框架法、项目评级工具(PART)等评估方法,以及结合笔者的评估实践经验,构建起了以预算管理流程为主轴,以预算管理的经济性、效率性、效益性、公平性为主要支撑的国防科研项目预算绩效评估指标体系。在此基础上,本文通过A船舶项目和B航天项目两个样本案例的模拟评估,对研究结果进行了初步检验。国防科研项目预算绩效评估指标体系的构建是国防科研项目预算绩效评估的重点和难点。为确保指标体系的科学性、合理性和有效性,本文在模拟评估的基础上,结合文献研究、因子分析、焦点团体访谈、深入访谈等研究方法,对具体评估指标逐一进行了质性诊断和优化完善,最终形成了一套由六个评估子系统构成的、组合式的国防科研项目预算绩效评估指标体系。