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新媒体科学传播在不断增长的国家需求、公众需求、技术发展需求的共同推动下蓬勃发展，但在发展的背后还存在许多制约因素和发展隐忧。科协组织是科学传播的主力军，在这场轰轰烈烈的科学传播变革中，科协面临着巨大的发展机遇，但也存在着诸多困境。 本文从新媒体的特征和科学传播的概念入手，分析二者的内在联系，找出新媒体技术对科学传播的影响及其发展趋势。在此基础上，运用SWOT科学分析方法，研究科协在新媒体科学传播中具有的优势、劣势，面临的机遇、风险，进而找出主要困境，立足科协组织的职能，提出具体的对策建议。研究发现，科协新媒体条件下的科学传播，在内外因素的作用下面临三大困境。一是传播方式的困境，即传播方式不适应公众需求、不适应新媒体技术的发展、新媒体科学传播影响力不足;二是人才困境，即创作人才匮乏、新媒体技术开发应用人才匮乏、新媒体科学传播宣传推广人才结构性短缺;三是机制体制困境，即缺乏有效的新媒体科学传播监管评价机制、缺乏新媒体科学传播投入和产业发展保障机制、缺乏有效的动员激励机制、新媒体科学传播资源开发共享机制不完善。基于科协开展重点人群科学素质传播、建设科普基础设施、推进科普资源的开发与共享、培养科学传播人才、为科学传播事业建言献策的主要职能。本文从丰富新媒体科学传播资源、优化资源配置、加速资源整合、建设人才队伍、积极为新媒体科学传播政策制定建言献策五个方面，提出对策建议。并结合云南省的实际情况，提出了云南省科协开展新媒体科学传播（科普信息化）的思路。