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电子商务是20世纪以来发展最为迅猛的一种商业运作模式。我国的电子商务交易在近几十年来更是飞速发展，各类电商的迅速崛起，使得电子商务的商场之战愈演愈烈。这种商业运作模式的发展历程与日新月异的科学技术水平密切相关，而互联网正是推动这一商业运作模式发展的主力军。这种依附于互联网技术的商业运作模式也在其逐步发展中体现出了不同于传统商业模式的特性。这些特性决定了电子商务这一活动模式的产生，会给与商业相关的管理制度产生冲击，而首当其冲的即是对一国经济主权中最主要的权力即税收管辖权产生影响。在互联网中进行的跨国电子商务交易，具有交易主体的广泛性、交易来源的模糊性、交易过程的便利性以及交易结果的及时行性的特征。拥有这些特征的跨国电子商务交易，虽然能够使地处不同国家的交易双方及时快捷的完成交易，但却给交易双方所在的国家的税收管辖造成了困难，不但加剧了国际重复征税的趋势，还催生了新的国际避税方式。本文从世界上通行的两大税种，所得税和流转税入手，在介绍了这对这两个个税种如何行使传统的税收管辖权的基础上，分别分析了跨国电子商务对这两个税种的管辖权造成的影响。在所得税方面，跨国电子商务活动对其居民管辖权和来源地管辖权都造成了影响，对于前者，主要是使法人的居民身份难以确定，从而妨碍了居民管辖权的行使；对于后者则包括对连接点的适用原则即常设机构原则产生了影响，而且电子商务也使所得性质的划分变得模糊不清。在流转税方面，主要是由于交易过程虚拟化的影响，使得税收机关难以确定纳税人、纳税地点，而且同样也对征税对象的性质难以把握，这些问题都会对一国的流转税税收管辖权产生影响。针对电子商务造成的税收管辖权行使困难问题，各方都有不同的解决方案，从国内法的角度，最具代表性的即是美国；而从国际法上，OECD和UN这两个国际组织为国际重复征税和国际避税问题的解决提供了很好的范本。这些方案虽然都旨在解决对电子商务的税收管辖问题，但都是出于其自身的经济立场而为之。因此，对于这个涉及到本国经济主权的问题，中国应该以谨慎的态度来对待。除此之外，我国还应该确立一些基本的税收指导原则，以适应电子商务活动给税收管辖带来的影响。本文还分别针对电子商务对所得税和流转税所产生的影响进行了一些思考，意在完善这两个税种的管辖权行使。另外，应该明确的是，只有进行广泛的国际税收合作，各国才能在世界范围内合理完善的行使税收管辖权。