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鸡传染性法氏囊病(InfectiousBursalDisease，IBD)是由传染性法氏囊病病毒(IBDV)引起的鸡的一种高度接触性传染病。病毒在法氏囊的B淋巴细胞中迅速繁殖，损伤法氏囊的B淋巴细胞，引起严重的免疫抑制，从而导致疫苗免疫失败和继发感染的发生，对养鸡业造成严重的经济损失。IBDV属于双RNA病毒科的成员，病毒基因组由A，B两个片段的双股RNA组成。其中，基因组B片段编码病毒蛋白VP1，它是一种RNA依赖性的RNA聚合酶；基因组A片段包含2个部分重叠的开放阅读框架(ORF)，小ORF编码分子量为17kDa的非结构蛋白VP5；大ORF编码一种分子量约110kDa的前体多聚蛋白，该蛋白在翻译后进一步加工形成VP2、VP3和VP4，形成IBDV的结构蛋白，参与病毒核衣壳的形成，携带病毒主要中和性B细胞抗原表位，诱导中和性抗体的产生。
B细胞抗原表位又称抗原决定簇，是抗原分子上能够被抗体分子识别的部位，在蛋白质抗原中一般由几个直接相邻或构象上相邻的氨基酸组成，决定着机体产生抗体的特异性，是诱导体液免疫的基本单位。对以体液免疫反应为主IBDV来说，鉴定其B细胞抗原表位便是揭示IBD体液免疫的本质。
本项研究应用基因工程技术构建了VP2和VP3基因原核表达载体pETVP2和pETVP3，并在大肠杆菌中诱导表达了鸡IBDV主要结构蛋白VP2和VP3。表达蛋白能够与鸡IBDV抗血清特异性反应，应用该表达蛋白鉴定出11株单克隆抗体识别VP2蛋白，2株单克隆抗体识别VP3蛋白。
然后，在应用生物信息学原理分析鸡IBDVVP2-4-3蛋白结构特性的基础上，合成了VP216-mer重叠多肽51条，VP212-mer重叠多肽64条，VP320-mer重叠多肽28条，VP312-mer重叠多肽30条，VP412-mer重叠多肽33条。合成多肽与载体蛋白BSA偶联后，经peptide-ELISA和Dot-ELISA检测其与鸡IBDV单克隆抗体或多抗的反应性。结果显示，VP2中含有5个中和性单克隆抗体识别的线性表位：EP1：37TLRSETSTYNLTV49；EP2：76SNGNYKF82；EP3：201DRPRVYTITAADDYQFS217；EP4：326SWSARGSLAVTI337；EP5：403SERDRLGIKTVW414和6个多抗反应位点：ES1：91NLPASYNYCRLVSRSLTV108；ES2：331GSLAVTIHGGNYPGALRPVTLV352；ES3：371FELIPNPELAKNLVTEYG388；ES4：433NSPLKIAGAFGFK445；ES5：449RAIRRIAVPVVS460；ES6：495ASGKARAASGRIRQLTLA512。VP3中含有2个中和性单克隆抗体识别线性表位：728PRDWDRLPYLNL739；982PKPKPKPNAPTQ993和4个多抗反应位点：ES7：818LANAPQAGSKSQRA831，ES8：851QREKDTRISKKMETMGIYFATP872，ES9：876ALNGHRGPSPGQLKYWQNTREI897，ES10：961QMKDLLLTAMEMK973。VP4中含有2个多抗识别位点：ES11：531VVDGILASPGVLRGAHNLDCVLREGATL558，ES12：593PSQRGSFIRTLSGHRVYGYAPDGV616。VP2和VP3单克隆抗体识别的抗原表位多肽同时也能够与鸡IBDV多抗血清反应。
应用噬菌体展示的随机7肽库对鸡IBDVVP2蛋白中和性单克隆抗体YNW17和YNW29进行生物淘选，单克隆抗体YNW17和YNW29识别噬菌体展示外源多肽的基序分别为D-X-P-R和A-R-G。序列比对分析这两株单克隆抗体识别的多肽基序分别位于VP2氨基酸201-204和329-331。通过重叠多肽合成技术和单克隆抗体抑制实验证明单克隆抗体YNW17识别VP2表位的氨基酸序列为：197CDSSDRPRVYTIT209单克隆抗体YNW29识别表位的序列为：329ARGSLAVTI337。进一步精确定位了表位EP3和EP4的序列范围。应用单克隆抗体YNW17和YNW29识别的表位多肽197CDSSDRPRVYTIT209和327WSARGSLAVTIHG339与载体蛋白KLH偶联后，免疫小鼠能够产生针对其多肽本身的抗体，该抗体能够在鸡胚成纤维细胞上中和鸡IBDV血清Ⅰ型病毒的增殖。
通过本项研究，详细地绘制了鸡IBDVVP2-4-3蛋白的抗原表位图谱，对揭示IBDV体液免疫发生的本质具有重要意义，同时为设计IBD新型表位疫苗奠定了基础。