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我国加入世界贸易组织后，WTO规则和TRIPS协议对我国的知识产权保护提出更多的要求。我国政府也越来越意识到知识产权保护的重要性。在三大知识产权中，专利权是最具有行政特色的一个，在专利权的司法和执法实践中，介入了更多的行政法律关系。随着我国法制建设的加强，公众法律意识的提高，经济的发展和对外贸易的拓展，专利案件日趋复杂化，出现了很多涵待解决的法律问题。 本文从分析“玻璃雕刻加工方法”发明专利案入手，基本勾画出我国专利权行政保护的现状，并就专利权行政保护的特点，原则、地位和专利权的行政法律关系等进行了论述，提出专利权行政纠纷和侵权纠纷解决中存在效率低、司法权和行政权相冲突、司法权之间相矛盾等问题，并对解决这些问题的对策做一初探，同时对专利权行政保护中出现的其他法律问题和相应的解决办法提出自己的一点浅见。